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BioGPT

Transformers

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Ce modèle a été publié dans HF papers le 2022-10-19 et ajouté à Hugging Face Transformers le 2022-12-05.

BioGPT

BioGPT est un modèle Transformer génératif basé sur GPT-2 et pré-entraîné sur 15 millions d’abstracts PubMed. Il est conçu pour les tâches de langage biomédical.

Vous pouvez trouver tous les points de contrôle originaux de BioGPT sous l'organisation Microsoft.

Cliquez sur les modèles BioGPT dans la barre latérale droite pour plus d’exemples sur la façon d’appliquer BioGPT à différentes tâches de langage.

L’exemple ci-dessous montre comment générer du texte biomédical avec Pipeline, AutoModel, ainsi que depuis la ligne de commande.

Pipeline

AutoModel

La quantification réduit la charge mémoire des grands modèles en représentant les poids avec une précision inférieure. Reportez-vous à l'aperçu de la Quantization pour plus d'informations sur les backends de quantification disponibles.

L'exemple ci-dessous utilise bitsandbytes pour quantiser uniquement les poids avec une précision de 4 bits.

import torch

from transformers import AutoModelForCausalLM, AutoTokenizer, BitsAndBytesConfig


bnb_config = BitsAndBytesConfig(
    load_in_4bit=True,
    bnb_4bit_quant_type="nf4",
    bnb_4bit_compute_dtype=torch.bfloat16,
    bit_use_double_quant=True
)

tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("microsoft/BioGPT-Large")
model = AutoModelForCausalLM.from_pretrained(
    "microsoft/BioGPT-Large",
    quantization_config=bnb_config,
    device_map="auto"
)

input_text = "Ibuprofen is best used for"
inputs = tokenizer(input_text, return_tensors="pt").to(model.device)
with torch.no_grad():
    generated_ids = model.generate(**inputs, max_length=50)
output = tokenizer.decode(generated_ids[0], skip_special_tokens=True)
print(output)

Notes

Effectuez le remplissage des entrées à droite, car BioGPT utilise des embeddings de position absolus.
BioGPT peut réutiliser les paires clé-valeur d'attention précédemment calculées. Accédez à cette fonctionnalité avec le paramètre past_key_values dans BioGPTModel.forward.

BioGptConfig

classe transformers.BioGptConfig

< source >

( transformers_version: str | None = Nonearchitectures: list[str] | None = Noneoutput_hidden_states: bool | None = Falsereturn_dict: bool | None = Truedtype: str | torch.dtype | None = Nonechunk_size_feed_forward: int = 0is_encoder_decoder: bool = Falseid2label: dict[int, str] | dict[str, str] | None = Nonelabel2id: dict[str, int] | dict[str, str] | None = Noneproblem_type: Literal['regression', 'single_label_classification', 'multi_label_classification'] | None = Nonevocab_size: int = 42384hidden_size: int = 1024num_hidden_layers: int = 24num_attention_heads: int = 16intermediate_size: int = 4096hidden_act: str = 'gelu'hidden_dropout_prob: float | int = 0.1attention_probs_dropout_prob: float | int = 0.1max_position_embeddings: int = 1024initializer_range: float = 0.02layer_norm_eps: float = 1e-12scale_embedding: bool = Trueuse_cache: bool = Truelayerdrop: float | int = 0.0activation_dropout: float | int = 0.0pad_token_id: int | None = 1bos_token_id: int | None = 0eos_token_id: int | list[int] | None = 2tie_word_embeddings: bool = True )

Paramètres

vocab_size (int, facultatif, par défaut 42384) — Taille du vocabulaire du modèle. Définit le nombre de jetons différents qui peuvent être représentés par input_ids.
hidden_size (int, facultatif, par défaut 1024) — Dimension des représentations cachées.
num_hidden_layers (int, facultatif, par défaut 24) — Nombre de couches cachées dans le décodeur Transformer.
num_attention_heads (int, facultatif, valeur par défaut 16) — Nombre de têtes d'attention pour chaque couche d'attention du décodeur Transformer.
intermediate_size (int, facultatif, par défaut 4096) — Dimension des représentations du MLP.
hidden_act (str, facultatif, par défaut gelu) — La fonction d'activation non linéaire (fonction ou chaîne de caractères) du décodeur. Par exemple, "gelu", "relu", "silu", etc.
hidden_dropout_prob (Union[float, int], facultatif, par défaut 0.1) — La probabilité de dropout pour toutes les couches entièrement connectées des embeddings, de l'encodeur et du pooler.
attention_probs_dropout_prob (Union[float, int], facultatif, par défaut 0.1) — Le taux de dropout appliqué aux probabilités d'attention.
max_position_embeddings (int, facultatif, par défaut 1024) — La longueur de séquence maximale avec laquelle ce modèle pourrait être utilisé.
initializer_range (float, facultatif, par défaut 0.02) — L'écart-type de la truncated_normal_initializer utilisé pour initialiser toutes les matrices de poids.
layer_norm_eps (float, facultatif, valeur par défaut 1e-12) — L'épsilon utilisé par les couches de normalisation de couche.
scale_embedding (bool, facultatif, par défaut True) — Indique s'il faut mettre à l'échelle les embeddings en les divisant par sqrt(d_model).
use_cache (bool, facultatif, valeur par défaut True) — Indique si le modèle doit retourner les dernières attentions clés/valeurs (non utilisé par tous les modèles). N’est pertinent que si config.is_decoder=True ou si le modèle est un modèle génératif uniquement décodeur.
layerdrop (Union[float, int], facultatif, par défaut 0.0) — La probabilité de LayerDrop. Consultez l'article [LayerDrop](voir https://huggingface.co/papers/1909.11556) pour plus de détails.
activation_dropout (Union[float, int], facultatif, valeur par défaut 0.0) — Le taux de dropout appliqué aux activations à l'intérieur de la couche entièrement connectée.
pad_token_id (int, facultatif, par défaut 1) — Identifiant du jeton utilisé pour le bourrage dans le vocabulaire.
bos_token_id (int, facultatif, par défaut 0) — Identifiant du jeton utilisé pour le début de flux dans le vocabulaire.
eos_token_id (Union[int, list[int]], facultatif, par défaut 2) — Identifiant du jeton utilisé pour la fin de flux dans le vocabulaire.
tie_word_embeddings (bool, facultatif, par défaut True) — Indique s'il faut lier les embeddings de poids selon la correspondance tied_weights_keys du modèle.

Ceci est la classe de configuration destinée à stocker la configuration d'un BioGptModel. Elle est utilisée pour instancier un modèle Biogpt en fonction des arguments spécifiés, définissant ainsi l'architecture du modèle. L'instanciation d'une configuration avec les valeurs par défaut produira une configuration similaire à celle de microsoft/biogpt

Les objets de configuration héritent de PreTrainedConfig et peuvent être utilisés pour contrôler les sorties du modèle. Consultez la documentation de PreTrainedConfig pour plus d’informations.

Exemple :

>>> from transformers import BioGptModel, BioGptConfig

>>> # Initializing a BioGPT microsoft/biogpt style configuration
>>> configuration = BioGptConfig()

>>> # Initializing a model from the microsoft/biogpt style configuration
>>> model = BioGptModel(configuration)

>>> # Accessing the model configuration
>>> configuration = model.config

BioGptTokenizer

classe transformers.BioGptTokenizer

< source >

( vocab_filemerges_fileunk_token = '<unk>'bos_token = '<s>'eos_token = '</s>'sep_token = '</s>'pad_token = '<pad>'**kwargs )

Paramètres

vocab_file (str) — Chemin vers le fichier de vocabulaire.
merges_file (str) — Fichier de fusions.
unk_token (str, facultatif, par défaut "<unk>") — Le jeton inconnu. Un jeton qui n'est pas dans le vocabulaire ne peut pas être converti en identifiant et est remplacé par ce jeton.
bos_token (str, facultatif, défaut "<s>") — Le jeton de début de séquence utilisé lors de la préformation. Peut être utilisé comme jeton de classifieur de séquence.

Lors de la construction d'une séquence à l'aide de jetons spéciaux, ce n'est pas ce jeton qui est utilisé pour le début de la séquence. Le jeton utilisé est cls_token.
eos_token (str, facultatif, défaut : "</s>") — Le jeton de fin de séquence. Lors de la construction d'une séquence à l'aide de jetons spéciaux, ce n'est pas le jeton utilisé pour la fin de séquence. Le jeton utilisé est sep_token.

Lors de la construction d'une séquence à l'aide de jetons spéciaux, ce n'est pas ce jeton qui est utilisé pour la fin de séquence. Le jeton utilisé est le sep_token.
sep_token (str, facultatif, par défaut "</s>") — Le jeton séparateur, utilisé lors de la construction d'une séquence à partir de plusieurs séquences, par exemple deux séquences pour la classification de séquences ou un texte et une question pour le question answering. Il est également utilisé comme dernier jeton d'une séquence construite avec des jetons spéciaux.
pad_token (str, facultatif, par défaut "<pad>") — Le jeton utilisé pour le bourrage, par exemple lors du regroupement de séquences de longueurs différentes.

Construisez un tokenizer Transformer FAIRSEQ. Tokenisation Moses suivie d'un Byte-Pair Encoding.

Ce tokenizer hérite de PreTrainedTokenizer, qui contient la plupart des méthodes principales. Les utilisateurs doivent se référer à cette superclasse pour plus d'informations sur ces méthodes.

save_vocabulary

< source >

( save_directory: strfilename_prefix: str | None = None )

BioGptModel

classe transformers.BioGptModel

< source >

( config: BioGptConfig )

Paramètres

config (BioGptConfig) — Classe de configuration du modèle contenant tous les paramètres du modèle. L’initialisation à partir d’un fichier de configuration ne charge pas les poids associés au modèle, uniquement la configuration. Consultez la méthode from_pretrained() pour charger les poids du modèle.

Le modèle Biogpt brut, qui produit des états cachés bruts sans aucune tête spécifique au sommet.

Ce modèle hérite de PreTrainedModel. Consultez la documentation de la classe parente pour les méthodes génériques que la bibliothèque implémente pour tous ses modèles (tels que le téléchargement ou l'enregistrement, le redimensionnement des embeddings d'entrée, la taille des têtes, etc.)

Ce modèle est également une sous-classe de torch.nn.Module de PyTorch. Utilisez-le comme un module PyTorch standard et consultez la documentation de PyTorch pour tout ce qui concerne l'utilisation et le comportement généraux.

forward

< source >

( input_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = Noneattention_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = Noneinputs_embeds: typing.Optional[torch.Tensor] = Nonepast_key_values: transformers.cache_utils.Cache | None = Noneuse_cache: bool | None = Noneposition_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = None**kwargs: *<class 'transformers.utils.generic.TransformersKwargs'> ) → BaseModelOutputWithPastAndCrossAttentions or tuple(torch.Tensor)

Paramètres

input_ids (torch.LongTensor de forme (batch_size, sequence_length), facultatif) — Indices des jetons de la séquence d'entrée dans le vocabulaire. Le bourrage (padding) sera ignoré par défaut.
Les indices peuvent être obtenus à l'aide de AutoTokenizer. Consultez PreTrainedTokenizer.encode() et PreTrainedTokenizer.call() pour plus de détails.

Qu'est-ce que les identifiants d'entrée ?
attention_mask (torch.Tensor de forme (batch_size, sequence_length), facultatif) — Masque pour éviter d'appliquer l'attention aux indices des jetons de bourrage. Les valeurs du masque sont choisies dans [0, 1]:
- 1 pour les jetons qui ne sont pas masqués,
- 0 pour les jetons masqués.
Qu'est-ce que les masques d'attention ?
inputs_embeds (torch.Tensor de forme (batch_size, sequence_length, hidden_size), facultatif) — Facultativement, au lieu de passer input_ids, vous pouvez choisir de passer directement une représentation intégrée. Cela est utile si vous souhaitez un meilleur contrôle sur la manière de convertir les indices input_ids en vecteurs associés que la matrice de recherche d’intégration interne du modèle.
past_key_values (~cache_utils.Cache, facultatif) — États cachés précalculés (clés et valeurs dans les blocs d'auto-attention et d'attention croisée) qui peuvent être utilisés pour accélérer le décodage séquentiel. Cela consiste généralement en la past_key_values retournée par le modèle à une étape antérieure du décodage, lorsque use_cache=True ou config.use_cache=True.
Seule une instance de Cache est autorisée en entrée, consultez notre guide du cache kv. Si aucun past_key_values n'est transmis, DynamicCache sera initialisé par défaut.

Le modèle produira le même format de cache qui est fourni en entrée.

Si past_key_values sont utilisés, l’utilisateur doit fournir uniquement les input_ids non traités (ceux pour lesquels les états de clés et de valeurs passées n’ont pas été fournis à ce modèle) de forme (batch_size, unprocessed_length) au lieu de tous les input_ids de forme (batch_size, sequence_length).
use_cache (bool, facultatif) — Si défini sur True, les états clé-valeur past_key_values sont renvoyés et peuvent être utilisés pour accélérer le décodage (voir past_key_values).
position_ids (torch.LongTensor de forme (batch_size, sequence_length), facultatif) — Indices des positions des jetons de chaque séquence d'entrée dans les embeddings de position. Sélectionnés dans l'intervalle [0, config.n_positions - 1].
Qu'est-ce que les identifiants de position ?

Retourne

BaseModelOutputWithPastAndCrossAttentions ou tuple(torch.Tensor)

Un BaseModelOutputWithPastAndCrossAttentions ou un tuple de torch.Tensor (si return_dict=False est passé ou lorsque config.return_dict=False) comprenant divers éléments en fonction de la configuration (BioGptConfig) et des entrées.

La méthode forward du modèle BioGptModel redéfinit la méthode spéciale __call__.

Bien que la recette de la passe avant doive être définie dans cette fonction, il faut ensuite appeler l'instance Module plutôt que celle-ci, car la première gère l'exécution des étapes de prétraitement et de post-traitement, tandis que la seconde les ignore silencieusement.

last_hidden_state (torch.Tensor de forme (batch_size, sequence_length, hidden_size)) — Séquence d'états cachés à la sortie de la dernière couche du modèle.

Si past_key_values est utilisé, seule la dernière hidden-state des séquences de forme (batch_size, 1, hidden_size) est renvoyée.
past_key_values (Cache, facultatif, renvoyé lorsque use_cache=True est passé ou lorsque config.use_cache=True) — Il s’agit d’une instance de Cache. Pour plus de détails, consultez notre guide sur le cache kv.

Contient des états cachés précalculés (clés et valeurs dans les blocs d'auto-attention et, le cas échéant, si config.is_encoder_decoder=True, dans les blocs d'attention croisée) qui peuvent être utilisés (voir l'entrée past_key_values) pour accélérer le décodage séquentiel.
hidden_states (tuple(torch.Tensor), facultatif, renvoyé lorsque output_hidden_states=True est passé ou lorsque config.output_hidden_states=True) — Tuple de torch.Tensor (un pour la sortie des embeddings, si le modèle possède une couche d’embedding, + un pour la sortie de chaque couche) de forme (batch_size, sequence_length, hidden_size).

États cachés du modèle à la sortie de chaque couche, ainsi que les sorties d'incorporation initiales facultatives.
attentions (tuple(torch.Tensor), facultatif, renvoyé lorsque output_attentions=True est passé ou lorsque config.output_attentions=True) — Tuple de torch.Tensor (un par couche) de forme (batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length).

Poids des attentions après le softmax d'attention, utilisés pour calculer la moyenne pondérée dans les têtes d'auto-attention.
cross_attentions (tuple(torch.Tensor), facultatif, renvoyé lorsque output_attentions=True et config.add_cross_attention=True sont passés ou lorsque config.output_attentions=True) — Tuple de torch.Tensor (un par couche) de forme (batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length).

Poids d'attention de la couche d'attention croisée du décodeur, après le softmax d'attention, utilisés pour calculer la moyenne pondérée dans les têtes d'attention croisée.

BioGptForCausalLM

classe transformers.BioGptForCausalLM

< source >

( config: BioGptConfig )

Paramètres

config (BioGptConfig) — Classe de configuration du modèle contenant tous les paramètres du modèle. L’initialisation à partir d’un fichier de configuration ne charge pas les poids associés au modèle, uniquement la configuration. Consultez la méthode from_pretrained() pour charger les poids du modèle.

Modèle BioGPT avec une tête language modeling en haut pour l'ajustement fin CLM.

forward

< source >

( input_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = Noneattention_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = Noneinputs_embeds: typing.Optional[torch.Tensor] = Nonepast_key_values: transformers.cache_utils.Cache | None = Nonelabels: typing.Optional[torch.LongTensor] = Noneuse_cache: bool | None = Noneposition_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = Nonelogits_to_keep: typing.Union[int, torch.Tensor] = 0**kwargs: *<class 'transformers.utils.generic.TransformersKwargs'> ) → CausalLMOutputWithCrossAttentions or tuple(torch.Tensor)

Paramètres

input_ids (torch.LongTensor de forme (batch_size, sequence_length), facultatif) — Indices des jetons de la séquence d'entrée dans le vocabulaire. Le bourrage (padding) sera ignoré par défaut.
Les indices peuvent être obtenus à l'aide de AutoTokenizer. Consultez PreTrainedTokenizer.encode() et PreTrainedTokenizer.call() pour plus de détails.

Qu'est-ce que les identifiants d'entrée ?
attention_mask (torch.Tensor de forme (batch_size, sequence_length), facultatif) — Masque pour éviter d'appliquer l'attention aux indices des jetons de bourrage. Les valeurs du masque sont choisies dans [0, 1]:
- 1 pour les jetons qui ne sont pas masqués,
- 0 pour les jetons masqués.
Qu'est-ce que les masques d'attention ?
inputs_embeds (torch.Tensor de forme (batch_size, sequence_length, hidden_size), facultatif) — Facultativement, au lieu de passer input_ids, vous pouvez choisir de passer directement une représentation intégrée. Cela est utile si vous souhaitez un meilleur contrôle sur la manière de convertir les indices input_ids en vecteurs associés que la matrice de recherche d’intégration interne du modèle.
past_key_values (~cache_utils.Cache, facultatif) — États cachés précalculés (clés et valeurs dans les blocs d'auto-attention et d'attention croisée) qui peuvent être utilisés pour accélérer le décodage séquentiel. Cela consiste généralement en la past_key_values retournée par le modèle à une étape antérieure du décodage, lorsque use_cache=True ou config.use_cache=True.
Seule une instance de Cache est autorisée en entrée, consultez notre guide du cache kv. Si aucun past_key_values n'est transmis, DynamicCache sera initialisé par défaut.

Le modèle produira le même format de cache qui est fourni en entrée.

Si past_key_values sont utilisés, l’utilisateur doit fournir uniquement les input_ids non traités (ceux pour lesquels les états de clés et de valeurs passées n’ont pas été fournis à ce modèle) de forme (batch_size, unprocessed_length) au lieu de tous les input_ids de forme (batch_size, sequence_length).
labels (torch.LongTensor de forme (batch_size, sequence_length), facultatif) — Étiquettes pour le modélisation du langage. Notez que les étiquettes sont décalées à l'intérieur du modèle, c'est-à-dire que vous pouvez définir labels = input_ids Les indices sont sélectionnés dans [-100, 0, ..., config.vocab_size] Toutes les étiquettes définies sur -100 sont ignorées (masquées), la perte n'est calculée que pour les étiquettes dans [0, ..., config.vocab_size]
use_cache (bool, facultatif) — Si défini sur True, les états clé-valeur past_key_values sont renvoyés et peuvent être utilisés pour accélérer le décodage (voir past_key_values).
position_ids (torch.LongTensor de forme (batch_size, sequence_length), facultatif) — Indices des positions des jetons de chaque séquence d'entrée dans les embeddings de position. Sélectionnés dans l'intervalle [0, config.n_positions - 1].
Qu'est-ce que les identifiants de position ?
logits_to_keep (Union[int, torch.Tensor], facultatif, valeur par défaut 0) — Si c'est un int, calcule les logits pour les logits_to_keep derniers jetons. Si 0, calcule les logits pour tous les input_ids (cas particulier). Seuls les logits du dernier jeton sont nécessaires pour la génération, et les calculer uniquement pour ce jeton peut économiser de la mémoire, ce qui devient assez significatif pour les séquences longues ou les tailles de vocabulaire importantes. Si c'est un torch.Tensor, il doit être 1D et correspondre aux indices à conserver dans la dimension de la longueur de la séquence. Cela est utile lors de l'utilisation du format de tenseurs empilés (une seule dimension pour le lot et la longueur de la séquence).

Retourne

CausalLMOutputWithCrossAttentions ou tuple(torch.Tensor)

Un CausalLMOutputWithCrossAttentions ou un tuple de torch.Tensor (si return_dict=False est passé ou lorsque config.return_dict=False) comprenant divers éléments en fonction de la configuration (BioGptConfig) et des entrées.

La méthode forward de BioGptForCausalLM redéfinit la méthode spéciale __call__.

Bien que la recette de la passe avant doive être définie dans cette fonction, il faut ensuite appeler l'instance Module plutôt que celle-ci, car la première gère l'exécution des étapes de prétraitement et de post-traitement, tandis que la seconde les ignore silencieusement.

loss (torch.Tensor de forme (1,), facultatif, renvoyé lorsque labels est fourni) — Perte de modélisation du langage (pour la prédiction du jeton suivant).
logits (torch.Tensor de forme (batch_size, sequence_length, config.vocab_size)) — Scores de prédiction de la tête de modélisation du langage (scores pour chaque jeton du vocabulaire avant SoftMax).
hidden_states (tuple(torch.Tensor), facultatif, renvoyé lorsque output_hidden_states=True est passé ou lorsque config.output_hidden_states=True) — Tuple de torch.Tensor (un pour la sortie des embeddings, si le modèle possède une couche d’embedding, + un pour la sortie de chaque couche) de forme (batch_size, sequence_length, hidden_size).

États cachés du modèle à la sortie de chaque couche, ainsi que les sorties d'incorporation initiales facultatives.
attentions (tuple(torch.Tensor), facultatif, renvoyé lorsque output_attentions=True est passé ou lorsque config.output_attentions=True) — Tuple de torch.Tensor (un par couche) de forme (batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length).

Poids des attentions après le softmax d'attention, utilisés pour calculer la moyenne pondérée dans les têtes d'auto-attention.
cross_attentions (tuple(torch.Tensor), facultatif, renvoyé lorsque output_attentions=True est passé ou lorsque config.output_attentions=True) — Tuple de torch.Tensor (un par couche) de forme (batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length).

Poids des attentions croisées après le softmax d'attention, utilisés pour calculer la moyenne pondérée dans les têtes d'attention croisée.
past_key_values (Cache, facultatif, renvoyé lorsque use_cache=True est passé ou lorsque config.use_cache=True) — Il s’agit d’une instance de Cache. Pour plus de détails, consultez notre guide sur le cache kv.

Contient des états cachés précalculés (clés et valeurs dans les blocs d'attention) qui peuvent être utilisés (voir l'entrée past_key_values) pour accélérer le décodage séquentiel.

Exemple :

BioGptForTokenClassification

classe transformers.BioGptForTokenClassification

< source >

( config: BioGptConfig )

Paramètres

config (BioGptConfig) — Classe de configuration du modèle contenant tous les paramètres du modèle. L’initialisation à partir d’un fichier de configuration ne charge pas les poids associés au modèle, uniquement la configuration. Consultez la méthode from_pretrained() pour charger les poids du modèle.

Le transformeur Biogpt avec une tête de classification de jetons au sommet (une couche linéaire au-dessus de la sortie des états cachés), par exemple pour des tâches de reconnaissance d'entités nommées (NER).

forward

< source >

( input_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = Nonetoken_type_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = Noneattention_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = Nonepast_key_values: transformers.cache_utils.Cache | None = Noneinputs_embeds: typing.Optional[torch.Tensor] = Nonelabels: typing.Optional[torch.LongTensor] = Noneuse_cache: bool | None = Noneposition_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = None**kwargs ) → TokenClassifierOutput or tuple(torch.Tensor)

Paramètres

input_ids (torch.LongTensor de forme (batch_size, sequence_length), facultatif) — Indices des jetons de la séquence d'entrée dans le vocabulaire. Le bourrage (padding) sera ignoré par défaut.
Les indices peuvent être obtenus à l'aide de AutoTokenizer. Consultez PreTrainedTokenizer.encode() et PreTrainedTokenizer.call() pour plus de détails.

Qu'est-ce que les identifiants d'entrée ?
token_type_ids (torch.LongTensor de forme (batch_size, sequence_length), facultatif) — Indices de jetons de segment pour indiquer les première et deuxième parties des entrées. Les indices sont choisis dans [0, 1]:
- 0 correspond à un jeton sentence A,
- 1 correspond à un jeton sentence B.
Qu'est-ce que les identifiants de type de jeton ?
attention_mask (torch.Tensor de forme (batch_size, sequence_length), facultatif) — Masque pour éviter d'appliquer l'attention aux indices des jetons de bourrage. Les valeurs du masque sont choisies dans [0, 1]:
- 1 pour les jetons qui ne sont pas masqués,
- 0 pour les jetons masqués.
Qu'est-ce que les masques d'attention ?
past_key_values (~cache_utils.Cache, facultatif) — États cachés précalculés (clés et valeurs dans les blocs d'auto-attention et d'attention croisée) qui peuvent être utilisés pour accélérer le décodage séquentiel. Cela consiste généralement en la past_key_values retournée par le modèle à une étape antérieure du décodage, lorsque use_cache=True ou config.use_cache=True.
Seule une instance de Cache est autorisée en entrée, consultez notre guide du cache kv. Si aucun past_key_values n'est transmis, DynamicCache sera initialisé par défaut.

Le modèle produira le même format de cache qui est fourni en entrée.

Si past_key_values sont utilisés, l’utilisateur doit fournir uniquement les input_ids non traités (ceux pour lesquels les états de clés et de valeurs passées n’ont pas été fournis à ce modèle) de forme (batch_size, unprocessed_length) au lieu de tous les input_ids de forme (batch_size, sequence_length).
inputs_embeds (torch.Tensor de forme (batch_size, sequence_length, hidden_size), facultatif) — Facultativement, au lieu de passer input_ids, vous pouvez choisir de passer directement une représentation intégrée. Cela est utile si vous souhaitez un meilleur contrôle sur la manière de convertir les indices input_ids en vecteurs associés que la matrice de recherche d’intégration interne du modèle.
labels (torch.LongTensor de forme (batch_size,), facultatif) — Étiquettes pour le calcul de la perte de classification/régression de séquence. Les indices doivent être dans [0, ..., config.num_labels - 1]. Si config.num_labels == 1, une perte de régression est calculée (perte du carré moyen). Si config.num_labels > 1, une perte de classification est calculée (entropie croisée).
use_cache (bool, facultatif) — Si défini sur True, les états clé-valeur past_key_values sont renvoyés et peuvent être utilisés pour accélérer le décodage (voir past_key_values).
position_ids (torch.LongTensor de forme (batch_size, sequence_length), facultatif) — Indices des positions des jetons de chaque séquence d'entrée dans les embeddings de position. Sélectionnés dans l'intervalle [0, config.n_positions - 1].
Qu'est-ce que les identifiants de position ?

Retourne

TokenClassifierOutput ou tuple(torch.Tensor)

Un TokenClassifierOutput ou un tuple de torch.Tensor (si return_dict=False est passé ou lorsque config.return_dict=False) comprenant divers éléments en fonction de la configuration (BioGptConfig) et des entrées.

La méthode forward de BioGptForTokenClassification redéfinit la méthode spéciale __call__.

Bien que la recette de la passe avant doive être définie dans cette fonction, il faut ensuite appeler l'instance Module plutôt que celle-ci, car la première gère l'exécution des étapes de prétraitement et de post-traitement, tandis que la seconde les ignore silencieusement.

loss (torch.Tensor de forme (1,), facultatif, renvoyé lorsque labels est fourni) — Perte de classification.
logits (torch.Tensor de forme (batch_size, sequence_length, config.num_labels)) — Scores de classification (avant SoftMax).
hidden_states (tuple(torch.Tensor), facultatif, renvoyé lorsque output_hidden_states=True est passé ou lorsque config.output_hidden_states=True) — Tuple de torch.Tensor (un pour la sortie des embeddings, si le modèle possède une couche d’embedding, + un pour la sortie de chaque couche) de forme (batch_size, sequence_length, hidden_size).

États cachés du modèle à la sortie de chaque couche, ainsi que les sorties d'incorporation initiales facultatives.
attentions (tuple(torch.Tensor), facultatif, renvoyé lorsque output_attentions=True est passé ou lorsque config.output_attentions=True) — Tuple de torch.Tensor (un par couche) de forme (batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length).

Poids des attentions après le softmax d'attention, utilisés pour calculer la moyenne pondérée dans les têtes d'auto-attention.

Exemple :

>>> from transformers import AutoTokenizer, BioGptForTokenClassification
>>> import torch

>>> tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("microsoft/biogpt")
>>> model = BioGptForTokenClassification.from_pretrained("microsoft/biogpt")

>>> inputs = tokenizer(
...     "HuggingFace is a company based in Paris and New York", add_special_tokens=False, return_tensors="pt"
... )

>>> with torch.no_grad():
...     logits = model(**inputs).logits

>>> predicted_token_class_ids = logits.argmax(-1)

>>> # Note that tokens are classified rather then input words which means that
>>> # there might be more predicted token classes than words.
>>> # Multiple token classes might account for the same word
>>> predicted_tokens_classes = [model.config.id2label[t.item()] for t in predicted_token_class_ids[0]]
>>> predicted_tokens_classes
...

>>> labels = predicted_token_class_ids
>>> loss = model(**inputs, labels=labels).loss
>>> round(loss.item(), 2)
...

BioGptForSequenceClassification

classe transformers.BioGptForSequenceClassification

< source >

( config: BioGptConfig )

Paramètres

config (BioGptConfig) — Classe de configuration du modèle contenant tous les paramètres du modèle. L’initialisation à partir d’un fichier de configuration ne charge pas les poids associés au modèle, uniquement la configuration. Consultez la méthode from_pretrained() pour charger les poids du modèle.

Le modèle transformer BioGpt avec une tête de classification de séquences au sommet (couche linéaire).

BioGptForSequenceClassification utilise le dernier jeton pour effectuer la classification, comme le font d’autres modèles causaux (par exemple GPT-2).

Comme elle effectue la classification sur le dernier jeton, il est nécessaire de connaître la position de ce dernier. Si un pad_token_id est défini dans la configuration, elle trouve le dernier jeton qui n'est pas un jeton de bourrage dans chaque ligne. Si aucun pad_token_id n'est défini, elle prend simplement la dernière valeur de chaque ligne du lot. Comme elle ne peut pas deviner les jetons de bourrage lorsque inputs_embeds sont passés à la place de input_ids, elle fait de même (prend la dernière valeur de chaque ligne du lot).

forward

< source >

( input_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = Noneattention_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = Nonepast_key_values: transformers.cache_utils.Cache | None = Noneinputs_embeds: typing.Optional[torch.Tensor] = Nonelabels: typing.Optional[torch.LongTensor] = Noneuse_cache: bool | None = Noneposition_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = Nonelogits_to_keep: typing.Union[int, torch.Tensor] = 0**kwargs ) → SequenceClassifierOutputWithPast or tuple(torch.Tensor)

Paramètres

input_ids (torch.LongTensor de forme (batch_size, sequence_length), facultatif) — Indices des jetons de la séquence d'entrée dans le vocabulaire. Le bourrage (padding) sera ignoré par défaut.
Les indices peuvent être obtenus à l'aide de AutoTokenizer. Consultez PreTrainedTokenizer.encode() et PreTrainedTokenizer.call() pour plus de détails.

Qu'est-ce que les identifiants d'entrée ?
attention_mask (torch.Tensor de forme (batch_size, sequence_length), facultatif) — Masque pour éviter d'appliquer l'attention aux indices des jetons de bourrage. Les valeurs du masque sont choisies dans [0, 1]:
- 1 pour les jetons qui ne sont pas masqués,
- 0 pour les jetons masqués.
Qu'est-ce que les masques d'attention ?
past_key_values (~cache_utils.Cache, facultatif) — États cachés précalculés (clés et valeurs dans les blocs d'auto-attention et d'attention croisée) qui peuvent être utilisés pour accélérer le décodage séquentiel. Cela consiste généralement en la past_key_values retournée par le modèle à une étape antérieure du décodage, lorsque use_cache=True ou config.use_cache=True.
Seule une instance de Cache est autorisée en entrée, consultez notre guide du cache kv. Si aucun past_key_values n'est transmis, DynamicCache sera initialisé par défaut.

Le modèle produira le même format de cache qui est fourni en entrée.

Si past_key_values sont utilisés, l’utilisateur doit fournir uniquement les input_ids non traités (ceux pour lesquels les états de clés et de valeurs passées n’ont pas été fournis à ce modèle) de forme (batch_size, unprocessed_length) au lieu de tous les input_ids de forme (batch_size, sequence_length).
inputs_embeds (torch.Tensor de forme (batch_size, sequence_length, hidden_size), facultatif) — Facultativement, au lieu de passer input_ids, vous pouvez choisir de passer directement une représentation intégrée. Cela est utile si vous souhaitez un meilleur contrôle sur la manière de convertir les indices input_ids en vecteurs associés que la matrice de recherche d’intégration interne du modèle.
labels (torch.LongTensor de forme (batch_size,), facultatif) — Étiquettes pour le calcul de la perte de classification/régression de séquence. Les indices doivent être dans [0, ..., config.num_labels - 1]. Si config.num_labels == 1, une perte de régression est calculée (perte du carré moyen). Si config.num_labels > 1, une perte de classification est calculée (entropie croisée).
use_cache (bool, facultatif) — Si défini sur True, les états clé-valeur past_key_values sont renvoyés et peuvent être utilisés pour accélérer le décodage (voir past_key_values).
position_ids (torch.LongTensor de forme (batch_size, sequence_length), facultatif) — Indices des positions des jetons de chaque séquence d'entrée dans les embeddings de position. Sélectionnés dans l'intervalle [0, config.n_positions - 1].
Qu'est-ce que les identifiants de position ?
logits_to_keep (Union[int, torch.Tensor], facultatif, valeur par défaut 0) — Si c'est un int, calcule les logits pour les logits_to_keep derniers jetons. Si 0, calcule les logits pour tous les input_ids (cas particulier). Seuls les logits du dernier jeton sont nécessaires pour la génération, et les calculer uniquement pour ce jeton peut économiser de la mémoire, ce qui devient assez significatif pour les séquences longues ou les tailles de vocabulaire importantes. Si c'est un torch.Tensor, il doit être 1D et correspondre aux indices à conserver dans la dimension de la longueur de la séquence. Cela est utile lors de l'utilisation du format de tenseurs empilés (une seule dimension pour le lot et la longueur de la séquence).

Retourne

SequenceClassifierOutputWithPast ou tuple(torch.Tensor)

Un SequenceClassifierOutputWithPast ou un tuple de torch.Tensor (si return_dict=False est passé ou lorsque config.return_dict=False) comprenant divers éléments en fonction de la configuration (BioGptConfig) et des entrées.

La méthode forward de BioGptForSequenceClassification redéfinit la méthode spéciale __call__.

Bien que la recette de la passe avant doive être définie dans cette fonction, il faut ensuite appeler l'instance Module plutôt que celle-ci, car la première gère l'exécution des étapes de prétraitement et de post-traitement, tandis que la seconde les ignore silencieusement.

loss (torch.Tensor de forme (1,), facultatif, renvoyé lorsque labels est fourni) — Perte de classification (ou de régression si config.num_labels==1).
logits (torch.Tensor de forme (batch_size, config.num_labels)) — Scores de classification (ou de régression si config.num_labels==1) (avant SoftMax).
past_key_values (Cache, facultatif, renvoyé lorsque use_cache=True est passé ou lorsque config.use_cache=True) — Il s’agit d’une instance de Cache. Pour plus de détails, consultez notre guide sur le cache kv.

Contient des états cachés précalculés (clés et valeurs dans les blocs d'auto-attention) qui peuvent être utilisés (voir l'entrée past_key_values) pour accélérer le décodage séquentiel.
hidden_states (tuple(torch.Tensor), facultatif, renvoyé lorsque output_hidden_states=True est passé ou lorsque config.output_hidden_states=True) — Tuple de torch.Tensor (un pour la sortie des embeddings, si le modèle possède une couche d’embedding, + un pour la sortie de chaque couche) de forme (batch_size, sequence_length, hidden_size).

États cachés du modèle à la sortie de chaque couche, ainsi que les sorties d'incorporation initiales facultatives.
attentions (tuple(torch.Tensor), facultatif, renvoyé lorsque output_attentions=True est passé ou lorsque config.output_attentions=True) — Tuple de torch.Tensor (un par couche) de forme (batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length).

Poids des attentions après le softmax d'attention, utilisés pour calculer la moyenne pondérée dans les têtes d'auto-attention.

Exemple de classification mono-étiquette :

>>> import torch
>>> from transformers import AutoTokenizer, BioGptForSequenceClassification

>>> tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("microsoft/biogpt")
>>> model = BioGptForSequenceClassification.from_pretrained("microsoft/biogpt")

>>> inputs = tokenizer("Hello, my dog is cute", return_tensors="pt")

>>> with torch.no_grad():
...     logits = model(**inputs).logits

>>> predicted_class_id = logits.argmax().item()
>>> model.config.id2label[predicted_class_id]
...

>>> # To train a model on `num_labels` classes, you can pass `num_labels=num_labels` to `.from_pretrained(...)`
>>> num_labels = len(model.config.id2label)
>>> model = BioGptForSequenceClassification.from_pretrained("microsoft/biogpt", num_labels=num_labels)

>>> labels = torch.tensor([1])
>>> loss = model(**inputs, labels=labels).loss
>>> round(loss.item(), 2)
...

Exemple de classification multi-étiquettes :

>>> import torch
>>> from transformers import AutoTokenizer, BioGptForSequenceClassification

>>> tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("microsoft/biogpt")
>>> model = BioGptForSequenceClassification.from_pretrained("microsoft/biogpt", problem_type="multi_label_classification")

>>> inputs = tokenizer("Hello, my dog is cute", return_tensors="pt")

>>> with torch.no_grad():
...     logits = model(**inputs).logits

>>> predicted_class_ids = torch.arange(0, logits.shape[-1])[torch.sigmoid(logits).squeeze(dim=0) > 0.5]

>>> # To train a model on `num_labels` classes, you can pass `num_labels=num_labels` to `.from_pretrained(...)`
>>> num_labels = len(model.config.id2label)
>>> model = BioGptForSequenceClassification.from_pretrained(
...     "microsoft/biogpt", num_labels=num_labels, problem_type="multi_label_classification"
... )

>>> labels = torch.sum(
...     torch.nn.functional.one_hot(predicted_class_ids[None, :].clone(), num_classes=num_labels), dim=1
... ).to(torch.float)
>>> loss = model(**inputs, labels=labels).loss

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