OTAR3088/CeLLaTe-ner-3class-iob_final · Datasets at Hugging Face

data_source stringclasses 4 values	tokens listlengths 5 562	tags listlengths 5 562
Single_Cell	[ "all", "raw", "data", "used", "to", "plot", "graphs", ",", "except", "for", "scr", "##na", "-", "seq", "analyses", ",", "are", "provided", "within", "the", "supporting", "data", "values", "file", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "full", "experimental", "details", "are", "provided", "in", "the", "supplemental", "methods", ",", "including", "reagents", "and", "protocols", ",", "in", "addition", "to", "the", "steps", "involved", "in", "computational", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "an", "integrated", "cell", "atlas", "of", "the", "lung", "in", "health", "and", "disease", "source", "paper", ":", "pmc", "##102", "##87", "##56", "##7" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "single", "-", "cell", "technologies", "have", "transformed", "our", "understanding", "of", "human", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "yet", ",", "studies", "typically", "capture", "only", "a", "limited", "number", "of", "donors", "and", "disagree", "on", "cell", "type", "definitions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "integrating", "many", "single", "-", "cell", "datasets", "can", "address", "these", "limitations", "of", "individual", "studies", "and", "capture", "the", "variability", "present", "in", "the", "population", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "here", "we", "present", "the", "integrated", "human", "lung", "cell", "atlas", "(", "hl", "##ca", ")", ",", "combining", "49", "datasets", "of", "the", "human", "respiratory", "system", "into", "a", "single", "atlas", "spanning", "over", "2", ".", "4", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "hl", "##ca", "presents", "a", "consensus", "cell", "type", "re", "-", "annotation", "with", "matching", "marker", "genes", ",", "including", "annotations", "of", "rare", "and", "previously", "undes", "##cribed", "cell", "types", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "lever", "##aging", "the", "number", "and", "diversity", "of", "individuals", "in", "the", "hl", "##ca", ",", "we", "identify", "gene", "modules", "that", "are", "associated", "with", "demographic", "covariates", "such", "as", "age", ",", "sex", "and", "body...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "mapping", "new", "data", "to", "the", "hl", "##ca", "enables", "rapid", "data", "annotation", "and", "interpretation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "using", "the", "hl", "##ca", "as", "a", "reference", "for", "the", "study", "of", "disease", ",", "we", "identify", "shared", "cell", "states", "across", "multiple", "lung", "diseases", ",", "including", "spp", "##1", "prof", "##ibr", "##otic", "monocyte-de...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "overall", ",", "the", "hl", "##ca", "serves", "as", "an", "example", "for", "the", "development", "and", "use", "of", "large", "-", "scale", ",", "cross", "-", "dataset", "organ", "atlas", "##es", "within", "the", "human", "cell", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "rapid", "technological", "improvements", "over", "the", "past", "decade", "have", "allowed", "single", "-", "cell", "datasets", "to", "grow", "both", "in", "size", "and", "number", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "this", "has", "led", "consor", "##tia", ",", "such", "as", "the", "human", "cell", "atlas", ",", "to", "pursue", "the", "generation", "of", "large", "-", "scale", "reference", "atlas", "##es", "of", "human", "organs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "advance", "our", "understanding", "of", "health", "and", "disease", ",", "such", "atlas", "##es", "must", "capture", "variation", "between", "individuals", "that", "is", "expected", "to", "impact", "the", "molecular", "phenotypes", "of", "the", "cells", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "whereas", "the", "generation", "of", "atlas", "##es", "at", "this", "scale", "by", "single", "research", "groups", "is", "currently", "not", "feasible", ",", "integrating", "datasets", "generated", "by", "the", "research", "community", "at", "large", "will", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "several", "foundation", "##al", "studies", "have", "started", "to", "map", "the", "cellular", "landscape", "of", "the", "healthy", "human", "lung", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
Single_Cell	[ "these", "studies", "each", "have", "a", "specific", "bias", "due", "to", "their", "choice", "of", "experimental", "protocol", "and", "technologies", ",", "and", "are", "therefore", "not", "tailored", "to", "serve", "as", "a", "universal", "reference", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "studies", "moreover", "include", "only", "a", "limited", "number", "of", "samples", "and", "individuals", ",", "thus", "lacking", "the", "scale", "and", "diversity", "to", "capture", "the", "full", "cellular", "heterogeneity", "present", "within", "the",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "integrated", "single", "-", "cell", "atlas", "##es", "provide", "novel", "insights", "not", "obtained", "in", "individual", "studies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "recent", "reference", "atlas", "##es", "have", "led", "to", "the", "discovery", "of", "unknown", "cell", "types", ",", "the", "identification", "of", "marker", "genes", "that", "are", "reproducible", "across", "studies", ",", "the", "comparison", "of", "anima...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "however", ",", "many", "currently", "available", "integrated", "atlas", "##es", "are", "limited", "in", "the", "number", "of", "human", "samples", ",", "datasets", "or", "cell", "types", "per", "organ", ",", "as", "well", "as", "donor", "metadata", "(", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "these", "limitations", "constrain", "the", "potential", "of", "atlas", "##es", "to", "serve", "as", "a", "reference", ",", "as", "they", "fail", "to", "represent", "and", "catalog", "the", "diversity", "of", "cellular", "phenotypes", "within", "the", "healthy...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "moreover", ",", "when", "integrating", "data", "from", "different", "sources", ",", "it", "is", "paramount", "to", "correctly", "separate", "technical", "biases", "from", "biologically", "relevant", "information", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "yet", ",", "the", "majority", "of", "existing", "atlas", "##es", "have", "not", "assessed", "the", "quality", "of", "their", "data", "integration", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "nonetheless", ",", "successful", "integration", "of", "the", "available", "datasets", "into", "a", "single", "tissue", "atlas", "is", "a", "critical", "step", "in", "achieving", "the", "goals", "of", "the", "human", "cell", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "in", "this", "resource", ",", "we", "present", "an", "integrated", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "atlas", "of", "the", "human", "respiratory", "system", ",", "including", "the", "upper", "and", "lower", "airways", ",", "from", "published", "and", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "human", "lung", "cell", "atlas", "(", "hl", "##ca", ")", "comprises", "data", "from", "486", "donors", "and", "49", "datasets", ",", "including", "2", ".", "4", "million", "cells", ",", "which", "we", "re", "-", "annotate", "d", "to", "generate...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "hl", "##ca", "expands", "our", "understanding", "of", "the", "healthy", "lung", "and", "its", "changes", "in", "disease", "and", "can", "be", "used", "as", "a", "reference", "for", "analyzing", "future", "lung", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "together", ",", "we", "provide", "a", "road", "##map", "for", "building", "and", "using", "comprehensive", ",", "interpret", "##able", "and", "up-to-date", "organ", "-", "and", "population", "-", "scale", "cell", "atlas", "##es", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "build", "the", "hl", "##ca", ",", "we", "collected", "single", "-", "cell", "rna", "sequencing", "(", "scr", "##na", "-", "seq", ")", "data", "and", "detailed", ",", "harmon", "##ized", "technical", ",", "biological", "and", "demographic", "metadata...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "these", "datasets", "include", "samples", "from", "107", "individuals", ",", "with", "diversity", "in", "age", ",", "sex", ",", "ethnicity", "(", "harmon", "##ized", "as", "detailed", "in", "methods", ")", ",", "bmi", "and", "smoking", "status", "(", "fig...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "cells", "were", "obtained", "from", "166", "tissue", "samples", "using", "a", "variety", "of", "tissue", "donors", ",", "sampling", "methods", ",", "experimental", "protocols", "and", "sequencing", "platforms", "(", "supplementary", "tables", "1", "and", "2", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "anatomical", "locations", "of", "the", "samples", "were", "projected", "onto", "a", "one", "-", "dimensional", "(", "1d", ")", "common", "coordinate", "framework", "(", "cc", "##f", ")", ",", "representing", "the", "proximal", "(", "0", ")", "to", "distal...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "consensus", "definitions", "of", "cell", "types", "based", "on", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "data", "across", "studies", "—", "particularly", "of", "transitional", "cell", "states", "—", "are", "lacking", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "enable", "supervised", "data", "integration", "and", "downstream", "integrated", "analysis", ",", "we", "harmon", "##ized", "cell", "type", "nomenclature", "by", "building", "a", "five", "-", "level", "hierarchical", "cell", "identity", "reference", "framew...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "then", "unified", "cell", "type", "labeling", "across", "datasets", "by", "mapping", "the", "collected", "cell", "identity", "labels", "for", "every", "dataset", "as", "provided", "by", "the", "data", "generator", "to", "the", "hierarchical", "reference",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "optimally", "remove", "dataset", "-", "specific", "batch", "effects", ",", "we", "evaluated", "12", "different", "data", "integration", "methods", "on", "12", "datasets", "(", "fig", ".", "2d", "and", "supplementary", "fig", ".", "1", ")", "using", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "used", "the", "top", "-", "performing", "integration", "method", ",", "scan", "##vi", ",", "to", "create", "an", "integrated", "embedding", "of", "all", "58", "##4", ",", "44", "##4", "cells", "of", "107", "individuals", "from", "the", "collected", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "a", "large", "-", "scale", "integrated", "atlas", "provides", "the", "unique", "opportunity", "to", "systematically", "investigate", "the", "consensus", "in", "cell", "type", "labeling", "across", "datasets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "identify", "areas", "of", "consensus", "and", "disagreement", ",", "we", "iteratively", "clustered", "the", "hl", "##ca", "core", "and", "investigated", "donor", "diversity", "and", "cell", "type", "label", "agreement", "in", "these", "clusters", "using",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "most", "clusters", "contained", "cells", "from", "many", "donors", "(", "extended", "data", "fig", ".", "1a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "clusters", "with", "low", "donor", "diversity", "(", "n", "=", "14", ")", "were", "largely", "immune", "cell", "clusters", "(", "n", "=", "13", ")", ",", "representing", "donor", "-", "or", "donor", "group", "-", "specific", "phenotypes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "similarly", ",", "a", "high", "diversity", "of", "(", "contradictory", ")", "cell", "type", "labels", "(", "high", "label", "entropy", ")", "can", "identify", "both", "annotation", "disagreements", "between", "studies", "and", "clusters", "of", "doublet", "##...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "most", "clusters", "(", "61", "out", "of", "94", ")", "showed", "low", "label", "entropy", ",", "suggesting", "overall", "agreement", "of", "coarse", "cell", "type", "labels", "across", "datasets", "(", "fig", ".", "3b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "remaining", "33", "clusters", "exhibited", "high", "label", "entropy", ",", "highlighting", "cellular", "phenotypes", "that", "were", "differently", "labeled", "across", "datasets", "(", "fig", ".", "3b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "example", ",", "the", "immune", "cluster", "with", "the", "highest", "label", "entropy", "contained", "many", "cells", "that", "were", "originally", "misl", "##abe", "##led", "as", "monocytes", "and", "macrophages", "but", "were", "actually", "type", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...
Single_Cell	[ "thus", ",", "populations", "with", "high", "label", "entropy", "identify", "misl", "##abe", "##led", "cell", "types", ",", "indicating", "the", "need", "for", "consensus", "re", "-", "annotation", "of", "the", "integrated", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "as", "a", "first", "step", "to", "achieve", "such", "a", "consensus", "on", "the", "diversity", "of", "cell", "types", "present", "in", "the", "hl", "##ca", "core", ",", "we", "performed", "a", "full", "re", "-", "annotation", "of", "the", "integrated",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "each", "of", "the", "61", "annotate", "d", "cell", "types", "(", "supplementary", "table", "5", ")", "was", "detected", "in", "at", "least", "four", "datasets", "out", "of", "14", ",", "often", "in", "specific", "parts", "of", "the", "respiratory", "sys...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "while", "our", "consensus", "cell", "type", "annotations", "partly", "correspond", "to", "original", "labels", "(", "41", "%", "of", "cells", ")", ",", "there", "were", "also", "refinement", "##s", "(", "28", "%", ")", "and", "substantial", "re", "-", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "to", "robustly", "characterize", "the", "cell", "types", ",", "we", "established", "a", "universal", "set", "of", "marker", "genes", "that", "generalize", "##s", "across", "individuals", "and", "studies", "(", "methods", ",", "extended", "data", "fig", ".", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "fully", "re", "-", "annotate", "d", "hl", "##ca", "core", "thus", "combines", "data", "from", "a", "diverse", "set", "of", "studies", "to", "provide", "a", "carefully", "curate", "d", "reference", "for", "cell", "type", "annotations", "and", "marke...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
Single_Cell	[ "rare", "cell", "types", ",", "such", "as", "ionocyte", "s", ",", "tu", "##ft", "cells", ",", "neuroendocrine", "cells", "and", "specific", "immune", "cell", "subsets", ",", "are", "often", "difficult", "to", "identify", "in", "individual", "datasets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "yet", ",", "combining", "datasets", "in", "the", "hl", "##ca", "core", "provides", "better", "power", "for", "identifying", "these", "rare", "cell", "types", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "ionocyte", "s", ",", "tu", "##ft", "and", "neuroendocrine", "cells", "make", "up", "only", "0", ".", "08", ",", "0", ".", "01", "and", "0", ".", "02", "%", "of", "the", "cells", "in", "the", "hl", "##ca", "core", "according", "to", "the", "origina...	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...
Single_Cell	[ "despite", "their", "low", "abundance", ",", "these", "cells", "formed", "three", "separate", "clusters", "of", "the", "hl", "##ca", "core", "(", "fig", ".", "3f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "our", "re", "-", "annotation", "increases", "the", "number", "of", "datasets", "in", "which", "these", "cells", "are", "detected", "up", "to", "threefold", "and", "identifies", "both", "cells", "false", "##ly", "annotate", "d", "as", "monocytes", ",", "tu",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O"...
Single_Cell	[ "importantly", ",", "other", "integration", "methods", "tested", "during", "our", "benchmark", "##ing", ",", "such", "as", "harmon", "##y", "and", "se", "##ura", "##t", "’", "s", "rp", "##ca", ",", "failed", "to", "separate", "these", "rare", "cells", "int...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "were", "further", "able", "to", "detect", "six", "cell", "identities", "that", "were", "not", "previously", "found", "in", "the", "human", "lung", "or", "were", "only", "recently", "described", "in", "individual", "studies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "these", "cell", "types", "include", "migratory", "dendritic", "cells", "(", "n", "=", "312", "cells", ",", "expressing", "ccr7", ",", "lad", "##1", "and", "col", "##19", ")", ",", "hematopoietic", "stem", "cells", "(", "n", "=", "60", ",", "expressing",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
Single_Cell	[ "sf", "##tp", "##c", "and", "sc", "##gb", "##3a", "##1", ")", "and", "the", "closely", "related", "preterm", "##inal", "bronchiol", "##e", "secretory", "cells", "(", "n", "=", "4", ",", "393", ",", "expressing", "sf", "##tp", "##b", ",", "sc", "##gb", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...
Single_Cell	[ "these", "smooth", "muscle", "cells", ",", "predominantly", "found", "in", "the", "airways", ",", "express", "canonical", "smooth", "muscle", "markers", "(", "cnn", "##1", "and", "myh", "##11", ")", "and", "also", "uniquely", "and", "consistently", "express", ...	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
Single_Cell	[ "the", "hl", "##ca", "core", "thus", "enables", "improved", "detection", "and", "identification", "of", "rare", "cell", "types", ",", "as", "well", "as", "the", "discovery", "of", "unknown", "cell", "types", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "demographic", "and", "other", "metadata", "covariates", "affect", "cellular", "transcriptional", "phenotypes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "better", "insight", "into", "the", "impact", "of", "these", "covariates", "(", "for", "example", ",", "sex", ",", "bmi", "and", "smoking", ")", "on", "cell", "type", "gene", "expression", "can", "shed", "light", "on", "the", "contribution", "of", "these",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "in", "addition", ",", "technical", "covariates", "such", "as", "ribosomal", "and", "mitochondrial", "genes", "exhibit", "batch", "-", "specific", "variation", "in", "expression", "(", "methods", "and", "supplementary", "table", "7", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "diversity", "in", "demographics", "(", "for", "example", ",", "smoking", "status", ",", "age", ",", "harmon", "##ized", "ethnicity", "and", "bmi", ")", "and", "experimental", "protocols", "represented", "in", "the", "hl", "##ca", "core", "enables", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "for", "many", "cell", "types", ",", "anatomical", "location", "is", "the", "biological", "variable", "explaining", "most", "of", "the", "variance", "between", "samples", "(", "fig", ".", "4a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "furthermore", ",", "sex", "is", "most", "associated", "with", "transcriptomic", "variation", "in", "lymphatic", "endothelial", "cells", ",", "whereas", "bmi", "is", "most", "associated", "with", "variation", "in", "b", "and", "t", "cells", ",", "harmon", "##i...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellT...
Single_Cell	[ "furthermore", ",", "for", "several", "cell", "types", "(", "for", "example", ",", "mast", ",", "at1", "and", "smooth", "muscle", "cells", ")", ",", "the", "tissue", "dissociation", "protocol", "explains", "most", "of", "the", "variance", "of", "all", "tec...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "these", "associations", "provide", "a", "systematic", "overview", "of", "the", "effects", "of", "biological", "and", "technical", "factors", "on", "the", "transcriptional", "state", "of", "lung", "cell", "types", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "better", "characterize", "how", "biological", "variables", "affect", "cellular", "phenotypes", ",", "we", "modeled", "their", "cell", "type", "-", "specific", "effects", "on", "the", "transcriptome", "at", "the", "gene", "level", "(", "methods", ")", "....	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "sex", "-", "related", "differences", "in", "lymphatic", "endothelial", "cells", "are", "dominated", "by", "differential", "expression", "of", "genes", "located", "on", "the", "x", "and", "y", "chromosomes", ",", "but", "also", "include", "a", "decrease", "in"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
Single_Cell	[ "we", "furthermore", "found", "cell", "type", "-", "specific", "programs", "that", "change", "with", "proximal", "(", "low", "cc", "##f", "score", ")", "to", "distal", "(", "high", "cc", "##f", "score", ")", "location", "along", "the", "respiratory", "trac...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "instance", ",", "oxidative", "phosphorylation", "(", "including", "cytochrome", "c", "oxidase", "genes", "such", "as", "cox", "##7a", "##1", ")", ",", "antigen", "presentation", "by", "major", "histocompatibility", "complex", "class", "i", "molecules", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "some", "gene", "programs", "were", "specific", "for", "a", "subset", "of", "airway", "epithelial", "cell", "types", "(", "for", "example", ",", "corn", "##ification", "and", "keratin", "##ization", ",", "which", "were", "programs", "that", "were", "downregula...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
Single_Cell	[ "the", "changes", "in", "airway", "epithelial", "cell", "states", "toward", "the", "terminal", "airways", "are", "further", "illustrated", "by", "increased", "expression", "of", "developmental", "pathway", "genes", "such", "as", "nkx2", "-", "1", ",", "nf", "#...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellTy...
Single_Cell	[ "similarly", ",", "several", "cell", "types", "display", "transcriptomic", "changes", "in", "donors", "with", "increasing", "bmi", "(", "fig", ".", "4d", "and", "supplementary", "tables", "8", "and", "9", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "at2", "cells", ",", "secretory", "cells", "and", "alveol", "ar", "macrophages", "exhibit", "downregulation", "of", "a", "range", "of", "biological", "processes", "(", "supplementary", "fig", ".", "5", ")", ",", "including", "cellular", "respiration", ",", "di...	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "in", "secretory", "cells", ",", "a", "downregulation", "of", "the", "insulin", "response", "pathway", "is", "also", "associated", "with", "higher", "bmi", ",", "in", "line", "with", "the", "insulin", "resistance", "observed", "in", "donors", "with", "obesity"...	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "in", "alveol", "ar", "macrophages", ",", "inflammatory", "responses", "involving", "jak", "/", "stat", "signaling", "(", "previously", "associated", "with", "obesity", "-", "induced", "chronic", "systemic", "inflammation", ")", "are", "associated", "with", "highe...	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "in", "contrast", ",", "in", "plasma", "cells", ",", "high", "bmi", "is", "associated", "with", "downregulation", "of", "gene", "sets", "associated", "with", "immune", "response", "and", "upregulation", "of", "gene", "sets", "associated", "with", "cellular", "...	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "this", "is", "consistent", "with", "obesity", "being", "a", "known", "risk", "factor", "for", "multiple", "myeloma", "—", "a", "plasma", "cell", "malignancy", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "thus", ",", "the", "hl", "##ca", "enables", "a", "detailed", "understanding", "of", "the", "effects", "of", "anatomical", "and", "demographic", "covariates", "on", "the", "cellular", "landscape", "of", "the", "lung", "and", "their", "relation", "to", "disease...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "biological", "and", "technical", "factors", "can", "also", "affect", "cell", "type", "proportions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "indeed", ",", "all", "cell", "types", "show", "changes", "in", "abundance", "as", "a", "function", "of", "anatomical", "location", "(", "fig", ".", "4c", "and", "extended", "data", "fig", ".", "5", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "example", ",", "ionocyte", "s", "are", "present", "at", "comparable", "proportions", "in", "the", "airway", "epithelium", ",", "from", "the", "larger", "lower", "airways", "(", "cc", "##f", "score", "=", "0", ".", "36", ")", "down", "to", "the", ...	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O",...
Single_Cell	[ "in", "contrast", ",", "neuroendocrine", "cells", "are", "predominantly", "observed", "in", "the", "larger", "lower", "airways", "but", "are", "absent", "from", "more", "distal", "parts", "of", "the", "bronchial", "tree", "(", "fig", ".", "4c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "in", "some", "cases", ",", "these", "proportions", "are", "highly", "dependent", "on", "the", "tissue", "sampling", "method", "and", "the", "dissociation", "protocol", "used", "(", "for", "example", ",", "for", "smooth", "muscle", "fam", "##83", "##d", "cel...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...
Single_Cell	[ "these", "observations", "shed", "light", "on", "the", "effects", "of", "biological", "and", "technical", "factors", "on", "the", "abundance", "of", "cell", "types", "in", "different", "parts", "of", "the", "lung", "and", "can", "help", "guide", "important", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "hl", "##ca", "core", "contains", "an", "unprecedented", "diversity", "of", "donors", ",", "sampling", "protocols", "and", "cell", "identities", ",", "and", "can", "serve", "as", "a", "transcriptomic", "reference", "for", "lung", "research", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "new", "datasets", "can", "be", "mapped", "to", "this", "reference", "to", "substantially", "speed", "up", "data", "analysis", "by", "transferring", "consensus", "cell", "identity", "annotations", "to", "the", "new", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "tested", "this", "on", "a", "recently", "released", "multimodal", "lung", "dataset", "(", "methods", ",", "fig", ".", "6a", "and", "extended", "data", "fig", ".", "6", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "overall", ",", "the", "transferred", "labels", "were", "correct", "in", "the", "majority", "of", "cases", ",", "with", "68", "%", "of", "the", "cells", "correctly", "labeled", ",", "14", "%", "of", "labels", "incorrectly", "labeled", "and", "18", "%", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "uncertain", "labels", "were", "observed", "specifically", "in", "continuous", "transitions", "from", "one", "cell", "type", "to", "another", "and", "among", "cellular", "identities", "not", "present", "in", "the", "hl", "##ca", "core", ",", "including", "rare",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O",...
Single_Cell	[ "taken", "together", ",", "these", "results", "show", "that", "the", "hl", "##ca", "core", "can", "be", "used", "for", "highly", "detailed", "annotation", "of", "new", "datasets", ",", "while", "allowing", "for", "the", "identification", "of", "unknown", "ce...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "single", "-", "cell", "studies", "of", "disease", "rely", "on", "adequate", ",", "matching", "control", "samples", "to", "allow", "correct", "identification", "of", "disease-specific", "changes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "demonstrate", "the", "ability", "of", "the", "hl", "##ca", "core", "to", "serve", "as", "a", "comprehensive", "healthy", "control", "and", "contextual", "##ize", "disease", "data", ",", "we", "mapped", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "from", "lun...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "using", "hl", "##ca", "label", "transfer", ",", "we", "correctly", "identified", "cell", "states", "missing", "from", "the", "hl", "##ca", "core", "as", "unknown", "(", "cancer", "cells", "and", "erythroblasts", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "all", "raw", "data", "used", "to", "plot", "graphs", ",", "except", "for", "scr", "##na", "-", "seq", "analyses", ",", "are", "provided", "within", "the", "supporting", "data", "values", "file", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "full", "experimental", "details", "are", "provided", "in", "the", "supplemental", "methods", ",", "including", "reagents", "and", "protocols", ",", "in", "addition", "to", "the", "steps", "involved", "in", "computational", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "an", "integrated", "cell", "atlas", "of", "the", "lung", "in", "health", "and", "disease", "source", "paper", ":", "pmc", "##102", "##87", "##56", "##7" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "single", "-", "cell", "technologies", "have", "transformed", "our", "understanding", "of", "human", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "yet", ",", "studies", "typically", "capture", "only", "a", "limited", "number", "of", "donors", "and", "disagree", "on", "cell", "type", "definitions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "integrating", "many", "single", "-", "cell", "datasets", "can", "address", "these", "limitations", "of", "individual", "studies", "and", "capture", "the", "variability", "present", "in", "the", "population", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "here", "we", "present", "the", "integrated", "human", "lung", "cell", "atlas", "(", "hl", "##ca", ")", ",", "combining", "49", "datasets", "of", "the", "human", "respiratory", "system", "into", "a", "single", "atlas", "spanning", "over", "2", ".", "4", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "hl", "##ca", "presents", "a", "consensus", "cell", "type", "re", "-", "annotation", "with", "matching", "marker", "genes", ",", "including", "annotations", "of", "rare", "and", "previously", "undes", "##cribed", "cell", "types", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "lever", "##aging", "the", "number", "and", "diversity", "of", "individuals", "in", "the", "hl", "##ca", ",", "we", "identify", "gene", "modules", "that", "are", "associated", "with", "demographic", "covariates", "such", "as", "age", ",", "sex", "and", "body...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "mapping", "new", "data", "to", "the", "hl", "##ca", "enables", "rapid", "data", "annotation", "and", "interpretation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "using", "the", "hl", "##ca", "as", "a", "reference", "for", "the", "study", "of", "disease", ",", "we", "identify", "shared", "cell", "states", "across", "multiple", "lung", "diseases", ",", "including", "spp", "##1", "prof", "##ibr", "##otic", "monocyte-de...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "overall", ",", "the", "hl", "##ca", "serves", "as", "an", "example", "for", "the", "development", "and", "use", "of", "large", "-", "scale", ",", "cross", "-", "dataset", "organ", "atlas", "##es", "within", "the", "human", "cell", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "rapid", "technological", "improvements", "over", "the", "past", "decade", "have", "allowed", "single", "-", "cell", "datasets", "to", "grow", "both", "in", "size", "and", "number", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "this", "has", "led", "consor", "##tia", ",", "such", "as", "the", "human", "cell", "atlas", ",", "to", "pursue", "the", "generation", "of", "large", "-", "scale", "reference", "atlas", "##es", "of", "human", "organs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "advance", "our", "understanding", "of", "health", "and", "disease", ",", "such", "atlas", "##es", "must", "capture", "variation", "between", "individuals", "that", "is", "expected", "to", "impact", "the", "molecular", "phenotypes", "of", "the", "cells", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "whereas", "the", "generation", "of", "atlas", "##es", "at", "this", "scale", "by", "single", "research", "groups", "is", "currently", "not", "feasible", ",", "integrating", "datasets", "generated", "by", "the", "research", "community", "at", "large", "will", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "several", "foundation", "##al", "studies", "have", "started", "to", "map", "the", "cellular", "landscape", "of", "the", "healthy", "human", "lung", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

Single_Cell

[ "these", "studies", "each", "have", "a", "specific", "bias", "due", "to", "their", "choice", "of", "experimental", "protocol", "and", "technologies", ",", "and", "are", "therefore", "not", "tailored", "to", "serve", "as", "a", "universal", "reference", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "studies", "moreover", "include", "only", "a", "limited", "number", "of", "samples", "and", "individuals", ",", "thus", "lacking", "the", "scale", "and", "diversity", "to", "capture", "the", "full", "cellular", "heterogeneity", "present", "within", "the",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "integrated", "single", "-", "cell", "atlas", "##es", "provide", "novel", "insights", "not", "obtained", "in", "individual", "studies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "recent", "reference", "atlas", "##es", "have", "led", "to", "the", "discovery", "of", "unknown", "cell", "types", ",", "the", "identification", "of", "marker", "genes", "that", "are", "reproducible", "across", "studies", ",", "the", "comparison", "of", "anima...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "however", ",", "many", "currently", "available", "integrated", "atlas", "##es", "are", "limited", "in", "the", "number", "of", "human", "samples", ",", "datasets", "or", "cell", "types", "per", "organ", ",", "as", "well", "as", "donor", "metadata", "(", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "these", "limitations", "constrain", "the", "potential", "of", "atlas", "##es", "to", "serve", "as", "a", "reference", ",", "as", "they", "fail", "to", "represent", "and", "catalog", "the", "diversity", "of", "cellular", "phenotypes", "within", "the", "healthy...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "moreover", ",", "when", "integrating", "data", "from", "different", "sources", ",", "it", "is", "paramount", "to", "correctly", "separate", "technical", "biases", "from", "biologically", "relevant", "information", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "yet", ",", "the", "majority", "of", "existing", "atlas", "##es", "have", "not", "assessed", "the", "quality", "of", "their", "data", "integration", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "nonetheless", ",", "successful", "integration", "of", "the", "available", "datasets", "into", "a", "single", "tissue", "atlas", "is", "a", "critical", "step", "in", "achieving", "the", "goals", "of", "the", "human", "cell", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "in", "this", "resource", ",", "we", "present", "an", "integrated", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "atlas", "of", "the", "human", "respiratory", "system", ",", "including", "the", "upper", "and", "lower", "airways", ",", "from", "published", "and", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "human", "lung", "cell", "atlas", "(", "hl", "##ca", ")", "comprises", "data", "from", "486", "donors", "and", "49", "datasets", ",", "including", "2", ".", "4", "million", "cells", ",", "which", "we", "re", "-", "annotate", "d", "to", "generate...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "hl", "##ca", "expands", "our", "understanding", "of", "the", "healthy", "lung", "and", "its", "changes", "in", "disease", "and", "can", "be", "used", "as", "a", "reference", "for", "analyzing", "future", "lung", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "together", ",", "we", "provide", "a", "road", "##map", "for", "building", "and", "using", "comprehensive", ",", "interpret", "##able", "and", "up-to-date", "organ", "-", "and", "population", "-", "scale", "cell", "atlas", "##es", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "build", "the", "hl", "##ca", ",", "we", "collected", "single", "-", "cell", "rna", "sequencing", "(", "scr", "##na", "-", "seq", ")", "data", "and", "detailed", ",", "harmon", "##ized", "technical", ",", "biological", "and", "demographic", "metadata...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "these", "datasets", "include", "samples", "from", "107", "individuals", ",", "with", "diversity", "in", "age", ",", "sex", ",", "ethnicity", "(", "harmon", "##ized", "as", "detailed", "in", "methods", ")", ",", "bmi", "and", "smoking", "status", "(", "fig...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "cells", "were", "obtained", "from", "166", "tissue", "samples", "using", "a", "variety", "of", "tissue", "donors", ",", "sampling", "methods", ",", "experimental", "protocols", "and", "sequencing", "platforms", "(", "supplementary", "tables", "1", "and", "2", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "anatomical", "locations", "of", "the", "samples", "were", "projected", "onto", "a", "one", "-", "dimensional", "(", "1d", ")", "common", "coordinate", "framework", "(", "cc", "##f", ")", ",", "representing", "the", "proximal", "(", "0", ")", "to", "distal...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "consensus", "definitions", "of", "cell", "types", "based", "on", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "data", "across", "studies", "—", "particularly", "of", "transitional", "cell", "states", "—", "are", "lacking", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "enable", "supervised", "data", "integration", "and", "downstream", "integrated", "analysis", ",", "we", "harmon", "##ized", "cell", "type", "nomenclature", "by", "building", "a", "five", "-", "level", "hierarchical", "cell", "identity", "reference", "framew...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "then", "unified", "cell", "type", "labeling", "across", "datasets", "by", "mapping", "the", "collected", "cell", "identity", "labels", "for", "every", "dataset", "as", "provided", "by", "the", "data", "generator", "to", "the", "hierarchical", "reference",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "optimally", "remove", "dataset", "-", "specific", "batch", "effects", ",", "we", "evaluated", "12", "different", "data", "integration", "methods", "on", "12", "datasets", "(", "fig", ".", "2d", "and", "supplementary", "fig", ".", "1", ")", "using", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "used", "the", "top", "-", "performing", "integration", "method", ",", "scan", "##vi", ",", "to", "create", "an", "integrated", "embedding", "of", "all", "58", "##4", ",", "44", "##4", "cells", "of", "107", "individuals", "from", "the", "collected", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "a", "large", "-", "scale", "integrated", "atlas", "provides", "the", "unique", "opportunity", "to", "systematically", "investigate", "the", "consensus", "in", "cell", "type", "labeling", "across", "datasets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "identify", "areas", "of", "consensus", "and", "disagreement", ",", "we", "iteratively", "clustered", "the", "hl", "##ca", "core", "and", "investigated", "donor", "diversity", "and", "cell", "type", "label", "agreement", "in", "these", "clusters", "using",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "most", "clusters", "contained", "cells", "from", "many", "donors", "(", "extended", "data", "fig", ".", "1a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "clusters", "with", "low", "donor", "diversity", "(", "n", "=", "14", ")", "were", "largely", "immune", "cell", "clusters", "(", "n", "=", "13", ")", ",", "representing", "donor", "-", "or", "donor", "group", "-", "specific", "phenotypes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "similarly", ",", "a", "high", "diversity", "of", "(", "contradictory", ")", "cell", "type", "labels", "(", "high", "label", "entropy", ")", "can", "identify", "both", "annotation", "disagreements", "between", "studies", "and", "clusters", "of", "doublet", "##...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "most", "clusters", "(", "61", "out", "of", "94", ")", "showed", "low", "label", "entropy", ",", "suggesting", "overall", "agreement", "of", "coarse", "cell", "type", "labels", "across", "datasets", "(", "fig", ".", "3b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "remaining", "33", "clusters", "exhibited", "high", "label", "entropy", ",", "highlighting", "cellular", "phenotypes", "that", "were", "differently", "labeled", "across", "datasets", "(", "fig", ".", "3b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "example", ",", "the", "immune", "cluster", "with", "the", "highest", "label", "entropy", "contained", "many", "cells", "that", "were", "originally", "misl", "##abe", "##led", "as", "monocytes", "and", "macrophages", "but", "were", "actually", "type", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...

Single_Cell

[ "thus", ",", "populations", "with", "high", "label", "entropy", "identify", "misl", "##abe", "##led", "cell", "types", ",", "indicating", "the", "need", "for", "consensus", "re", "-", "annotation", "of", "the", "integrated", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "as", "a", "first", "step", "to", "achieve", "such", "a", "consensus", "on", "the", "diversity", "of", "cell", "types", "present", "in", "the", "hl", "##ca", "core", ",", "we", "performed", "a", "full", "re", "-", "annotation", "of", "the", "integrated",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "each", "of", "the", "61", "annotate", "d", "cell", "types", "(", "supplementary", "table", "5", ")", "was", "detected", "in", "at", "least", "four", "datasets", "out", "of", "14", ",", "often", "in", "specific", "parts", "of", "the", "respiratory", "sys...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "while", "our", "consensus", "cell", "type", "annotations", "partly", "correspond", "to", "original", "labels", "(", "41", "%", "of", "cells", ")", ",", "there", "were", "also", "refinement", "##s", "(", "28", "%", ")", "and", "substantial", "re", "-", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "to", "robustly", "characterize", "the", "cell", "types", ",", "we", "established", "a", "universal", "set", "of", "marker", "genes", "that", "generalize", "##s", "across", "individuals", "and", "studies", "(", "methods", ",", "extended", "data", "fig", ".", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "fully", "re", "-", "annotate", "d", "hl", "##ca", "core", "thus", "combines", "data", "from", "a", "diverse", "set", "of", "studies", "to", "provide", "a", "carefully", "curate", "d", "reference", "for", "cell", "type", "annotations", "and", "marke...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

Single_Cell

[ "rare", "cell", "types", ",", "such", "as", "ionocyte", "s", ",", "tu", "##ft", "cells", ",", "neuroendocrine", "cells", "and", "specific", "immune", "cell", "subsets", ",", "are", "often", "difficult", "to", "identify", "in", "individual", "datasets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "yet", ",", "combining", "datasets", "in", "the", "hl", "##ca", "core", "provides", "better", "power", "for", "identifying", "these", "rare", "cell", "types", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "ionocyte", "s", ",", "tu", "##ft", "and", "neuroendocrine", "cells", "make", "up", "only", "0", ".", "08", ",", "0", ".", "01", "and", "0", ".", "02", "%", "of", "the", "cells", "in", "the", "hl", "##ca", "core", "according", "to", "the", "origina...

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...

Single_Cell

[ "despite", "their", "low", "abundance", ",", "these", "cells", "formed", "three", "separate", "clusters", "of", "the", "hl", "##ca", "core", "(", "fig", ".", "3f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "our", "re", "-", "annotation", "increases", "the", "number", "of", "datasets", "in", "which", "these", "cells", "are", "detected", "up", "to", "threefold", "and", "identifies", "both", "cells", "false", "##ly", "annotate", "d", "as", "monocytes", ",", "tu",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O"...

Single_Cell

[ "importantly", ",", "other", "integration", "methods", "tested", "during", "our", "benchmark", "##ing", ",", "such", "as", "harmon", "##y", "and", "se", "##ura", "##t", "’", "s", "rp", "##ca", ",", "failed", "to", "separate", "these", "rare", "cells", "int...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "were", "further", "able", "to", "detect", "six", "cell", "identities", "that", "were", "not", "previously", "found", "in", "the", "human", "lung", "or", "were", "only", "recently", "described", "in", "individual", "studies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "these", "cell", "types", "include", "migratory", "dendritic", "cells", "(", "n", "=", "312", "cells", ",", "expressing", "ccr7", ",", "lad", "##1", "and", "col", "##19", ")", ",", "hematopoietic", "stem", "cells", "(", "n", "=", "60", ",", "expressing",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

Single_Cell

[ "sf", "##tp", "##c", "and", "sc", "##gb", "##3a", "##1", ")", "and", "the", "closely", "related", "preterm", "##inal", "bronchiol", "##e", "secretory", "cells", "(", "n", "=", "4", ",", "393", ",", "expressing", "sf", "##tp", "##b", ",", "sc", "##gb", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...

Single_Cell

[ "these", "smooth", "muscle", "cells", ",", "predominantly", "found", "in", "the", "airways", ",", "express", "canonical", "smooth", "muscle", "markers", "(", "cnn", "##1", "and", "myh", "##11", ")", "and", "also", "uniquely", "and", "consistently", "express", ...

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

Single_Cell

[ "the", "hl", "##ca", "core", "thus", "enables", "improved", "detection", "and", "identification", "of", "rare", "cell", "types", ",", "as", "well", "as", "the", "discovery", "of", "unknown", "cell", "types", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "demographic", "and", "other", "metadata", "covariates", "affect", "cellular", "transcriptional", "phenotypes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "better", "insight", "into", "the", "impact", "of", "these", "covariates", "(", "for", "example", ",", "sex", ",", "bmi", "and", "smoking", ")", "on", "cell", "type", "gene", "expression", "can", "shed", "light", "on", "the", "contribution", "of", "these",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "in", "addition", ",", "technical", "covariates", "such", "as", "ribosomal", "and", "mitochondrial", "genes", "exhibit", "batch", "-", "specific", "variation", "in", "expression", "(", "methods", "and", "supplementary", "table", "7", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "diversity", "in", "demographics", "(", "for", "example", ",", "smoking", "status", ",", "age", ",", "harmon", "##ized", "ethnicity", "and", "bmi", ")", "and", "experimental", "protocols", "represented", "in", "the", "hl", "##ca", "core", "enables", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "for", "many", "cell", "types", ",", "anatomical", "location", "is", "the", "biological", "variable", "explaining", "most", "of", "the", "variance", "between", "samples", "(", "fig", ".", "4a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "furthermore", ",", "sex", "is", "most", "associated", "with", "transcriptomic", "variation", "in", "lymphatic", "endothelial", "cells", ",", "whereas", "bmi", "is", "most", "associated", "with", "variation", "in", "b", "and", "t", "cells", ",", "harmon", "##i...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellT...

Single_Cell

[ "furthermore", ",", "for", "several", "cell", "types", "(", "for", "example", ",", "mast", ",", "at1", "and", "smooth", "muscle", "cells", ")", ",", "the", "tissue", "dissociation", "protocol", "explains", "most", "of", "the", "variance", "of", "all", "tec...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "these", "associations", "provide", "a", "systematic", "overview", "of", "the", "effects", "of", "biological", "and", "technical", "factors", "on", "the", "transcriptional", "state", "of", "lung", "cell", "types", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "better", "characterize", "how", "biological", "variables", "affect", "cellular", "phenotypes", ",", "we", "modeled", "their", "cell", "type", "-", "specific", "effects", "on", "the", "transcriptome", "at", "the", "gene", "level", "(", "methods", ")", "....

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "sex", "-", "related", "differences", "in", "lymphatic", "endothelial", "cells", "are", "dominated", "by", "differential", "expression", "of", "genes", "located", "on", "the", "x", "and", "y", "chromosomes", ",", "but", "also", "include", "a", "decrease", "in"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

Single_Cell

[ "we", "furthermore", "found", "cell", "type", "-", "specific", "programs", "that", "change", "with", "proximal", "(", "low", "cc", "##f", "score", ")", "to", "distal", "(", "high", "cc", "##f", "score", ")", "location", "along", "the", "respiratory", "trac...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "instance", ",", "oxidative", "phosphorylation", "(", "including", "cytochrome", "c", "oxidase", "genes", "such", "as", "cox", "##7a", "##1", ")", ",", "antigen", "presentation", "by", "major", "histocompatibility", "complex", "class", "i", "molecules", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "some", "gene", "programs", "were", "specific", "for", "a", "subset", "of", "airway", "epithelial", "cell", "types", "(", "for", "example", ",", "corn", "##ification", "and", "keratin", "##ization", ",", "which", "were", "programs", "that", "were", "downregula...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

Single_Cell

[ "the", "changes", "in", "airway", "epithelial", "cell", "states", "toward", "the", "terminal", "airways", "are", "further", "illustrated", "by", "increased", "expression", "of", "developmental", "pathway", "genes", "such", "as", "nkx2", "-", "1", ",", "nf", "#...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellTy...

Single_Cell

[ "similarly", ",", "several", "cell", "types", "display", "transcriptomic", "changes", "in", "donors", "with", "increasing", "bmi", "(", "fig", ".", "4d", "and", "supplementary", "tables", "8", "and", "9", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "at2", "cells", ",", "secretory", "cells", "and", "alveol", "ar", "macrophages", "exhibit", "downregulation", "of", "a", "range", "of", "biological", "processes", "(", "supplementary", "fig", ".", "5", ")", ",", "including", "cellular", "respiration", ",", "di...

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "in", "secretory", "cells", ",", "a", "downregulation", "of", "the", "insulin", "response", "pathway", "is", "also", "associated", "with", "higher", "bmi", ",", "in", "line", "with", "the", "insulin", "resistance", "observed", "in", "donors", "with", "obesity"...

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "in", "alveol", "ar", "macrophages", ",", "inflammatory", "responses", "involving", "jak", "/", "stat", "signaling", "(", "previously", "associated", "with", "obesity", "-", "induced", "chronic", "systemic", "inflammation", ")", "are", "associated", "with", "highe...

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "in", "contrast", ",", "in", "plasma", "cells", ",", "high", "bmi", "is", "associated", "with", "downregulation", "of", "gene", "sets", "associated", "with", "immune", "response", "and", "upregulation", "of", "gene", "sets", "associated", "with", "cellular", "...

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "this", "is", "consistent", "with", "obesity", "being", "a", "known", "risk", "factor", "for", "multiple", "myeloma", "—", "a", "plasma", "cell", "malignancy", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "thus", ",", "the", "hl", "##ca", "enables", "a", "detailed", "understanding", "of", "the", "effects", "of", "anatomical", "and", "demographic", "covariates", "on", "the", "cellular", "landscape", "of", "the", "lung", "and", "their", "relation", "to", "disease...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "biological", "and", "technical", "factors", "can", "also", "affect", "cell", "type", "proportions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "indeed", ",", "all", "cell", "types", "show", "changes", "in", "abundance", "as", "a", "function", "of", "anatomical", "location", "(", "fig", ".", "4c", "and", "extended", "data", "fig", ".", "5", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "example", ",", "ionocyte", "s", "are", "present", "at", "comparable", "proportions", "in", "the", "airway", "epithelium", ",", "from", "the", "larger", "lower", "airways", "(", "cc", "##f", "score", "=", "0", ".", "36", ")", "down", "to", "the", ...

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O",...

Single_Cell

[ "in", "contrast", ",", "neuroendocrine", "cells", "are", "predominantly", "observed", "in", "the", "larger", "lower", "airways", "but", "are", "absent", "from", "more", "distal", "parts", "of", "the", "bronchial", "tree", "(", "fig", ".", "4c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "in", "some", "cases", ",", "these", "proportions", "are", "highly", "dependent", "on", "the", "tissue", "sampling", "method", "and", "the", "dissociation", "protocol", "used", "(", "for", "example", ",", "for", "smooth", "muscle", "fam", "##83", "##d", "cel...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...

Single_Cell

[ "these", "observations", "shed", "light", "on", "the", "effects", "of", "biological", "and", "technical", "factors", "on", "the", "abundance", "of", "cell", "types", "in", "different", "parts", "of", "the", "lung", "and", "can", "help", "guide", "important", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "hl", "##ca", "core", "contains", "an", "unprecedented", "diversity", "of", "donors", ",", "sampling", "protocols", "and", "cell", "identities", ",", "and", "can", "serve", "as", "a", "transcriptomic", "reference", "for", "lung", "research", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "new", "datasets", "can", "be", "mapped", "to", "this", "reference", "to", "substantially", "speed", "up", "data", "analysis", "by", "transferring", "consensus", "cell", "identity", "annotations", "to", "the", "new", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "tested", "this", "on", "a", "recently", "released", "multimodal", "lung", "dataset", "(", "methods", ",", "fig", ".", "6a", "and", "extended", "data", "fig", ".", "6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "overall", ",", "the", "transferred", "labels", "were", "correct", "in", "the", "majority", "of", "cases", ",", "with", "68", "%", "of", "the", "cells", "correctly", "labeled", ",", "14", "%", "of", "labels", "incorrectly", "labeled", "and", "18", "%", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "uncertain", "labels", "were", "observed", "specifically", "in", "continuous", "transitions", "from", "one", "cell", "type", "to", "another", "and", "among", "cellular", "identities", "not", "present", "in", "the", "hl", "##ca", "core", ",", "including", "rare",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O",...

Single_Cell

[ "taken", "together", ",", "these", "results", "show", "that", "the", "hl", "##ca", "core", "can", "be", "used", "for", "highly", "detailed", "annotation", "of", "new", "datasets", ",", "while", "allowing", "for", "the", "identification", "of", "unknown", "ce...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "single", "-", "cell", "studies", "of", "disease", "rely", "on", "adequate", ",", "matching", "control", "samples", "to", "allow", "correct", "identification", "of", "disease-specific", "changes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "demonstrate", "the", "ability", "of", "the", "hl", "##ca", "core", "to", "serve", "as", "a", "comprehensive", "healthy", "control", "and", "contextual", "##ize", "disease", "data", ",", "we", "mapped", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "from", "lun...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "using", "hl", "##ca", "label", "transfer", ",", "we", "correctly", "identified", "cell", "states", "missing", "from", "the", "hl", "##ca", "core", "as", "unknown", "(", "cancer", "cells", "and", "erythroblasts", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O" ]