Datasets:
OTAR3088
/
CeLLaTe-ner-3class-iob_final

Dataset card Data Studio Files
xet
 Community
1
data_source
stringclasses
4 values
tokens
listlengths
5
562
tags
listlengths
5
562
Single_Cell
[ "tissue", "samples", "were", "obtained", "from", "the", "cambridge", "biore", "##pos", "##itory", "for", "translational", "medicine", "(", "cbt", "##m", ")", "with", "approval", "from", "the", "national", "research", "ethics", "services", "(", "nr", "##es", ")...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell
[ "tissue", "samples", "were", "obtained", "with", "informed", "consent", "from", "the", "donor", "families", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "protocol", "was", "approved", "by", "the", "northwestern", "university", "irb", "(", "st", "##u", "##002", "##121", "##20", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "written", "informed", "consent", "was", "obtained", "from", "all", "individuals", "in", "the", "study", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "for", "the", "pooled", "data", "from", "ref", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "and", "associated", "unpublished", "data", ",", "the", "protocol", "was", "approved", "by", "the", "irb", "(", "alg", "##eme", "##en", "be", "##oor", "##del", "##ings", "-", "en", "registr", "##ati", "##ef", "##orm", "##uli", "##er", "number", "nl", "##69...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "national", "jew", "##ish", "health", "irb", "approved", "the", "research", "under", "irb", "protocols", "hs", "-", "320", "##9", "and", "hs", "-", "224", "##0", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "informed", "consent", "was", "obtained", "from", "authorized", "family", "members", "of", "all", "donors", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "approval", "was", "given", "by", "the", "nr", "##es", "committee", "of", "east", "of", "england", "—", "cambridge", "south", "(", "research", "ethics", "committee", "(", "rec", ")", "reference", ":", "15", "/", "ee", "/", "015", "##2", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "informed", "consent", "for", "use", "of", "the", "tissue", "was", "obtained", "from", "the", "donors", "’", "families", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "for", "barb", "##ry", "_", "unpub", "##l", "(", "p", ".", "b", ".", ",", "l", ".", "-", "e", ".", "z", ".", ",", "m", ".", "j", ".", "a", ".", ",", "a", ".", "c", ".", ",", "c", ".", "b", ".", "et", "al", ".", ",", "newly", "generate...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell
[ "nasal", "and", "trache", "##ob", "##ron", "##chi", "##al", "samples", "were", "collected", "from", "patients", "with", "ipf", "after", "obtaining", "their", "informed", "consent", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "approved", "was", "given", "by", "the", "irb", "of", "northwestern", "university", "(", "st", "##u", "##002", "##121", "##20", ",", "st", "##u", "##002", "##131", "##77", ",", "st", "##u", "##002", "##125", "##11", "and", "st", "##u", "##002", "##125", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "for", "inclusion", "in", "this", "study", ",", "patients", "or", "their", "designated", "medical", "power", "of", "att", "##orn", "##ey", "provided", "informed", "consent", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "for", "du", "##ong", "_", "lung", "##map", "_", "unpub", "##l", "(", "t", ".", "e", ".", "d", ".", ",", "k", ".", "z", ".", ",", "x", ".", "s", ".", ",", "j", ".", "s", ".", "h", ".", "and", "g", ".", "p", ".", ",", "newly", "generated...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell
[ "consent", "can", "be", "found", "on", "the", "repository", "’", "s", "website", "(", "br", "##ind", "##l", ".", "ur", "##mc", ".", "rochester", ".", "edu", "/", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "study", "was", "conducted", "in", "accordance", "with", "the", "declaration", "of", "helsinki", "and", "department", "of", "health", "and", "human", "services", "bel", "##mon", "##t", "report", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "use", "of", "biomaterial", "and", "data", "for", "this", "study", "was", "approved", "by", "the", "local", "ethics", "committee", "of", "the", "medical", "faculty", "heidelberg", "(", "s", "-", "270", "/", "2001", "and", "s", "-", "53", "##8", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "all", "individuals", "gave", "informed", "consent", "for", "inclusion", "before", "they", "participated", "in", "the", "study", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "human", "lung", "tissues", "were", "proc", "##ured", "under", "each", "institution", "’", "s", "approved", "irb", "protocol", "(", "numbers", "0003", "##53", "##96", "(", "ced", "##ars", "-", "sin", "##ai", "medical", "center", ")", ",", "03", "-", "139...
[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell
[ "informed", "consent", "was", "obtained", "from", "lung", "donors", "or", "their", "authorized", "representatives", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "study", "was", "approved", "and", "monitored", "by", "the", "national", "jew", "##ish", "health", "irb", "(", "fw", "##a", "##0000", "##07", "##78", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "written", "informed", "consent", "was", "obtained", "from", "all", "participants", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "study", "protocol", "was", "approved", "by", "the", "partners", "healthcare", "irb", "(", "protocol", "2011", "##p", "##002", "##41", "##9", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "lung", "tissue", "was", "obtained", "under", "a", "protocol", "approved", "by", "the", "university", "of", "pittsburgh", "irb", "(", "irb", "study", "191", "##003", "##26", ")", "during", "transplantation", "surgery", "." ]
[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "study", "was", "conducted", "according", "to", "the", "principles", "expressed", "in", "the", "declaration", "of", "helsinki", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "ethical", "approval", "was", "obtained", "from", "ethics", "committee", "research", "u", "##z", "/", "ku", "leu", "##ven", "(", "s6", "##38", "##81", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "all", "participants", "provided", "written", "informed", "consent", "for", "sample", "collection", "and", "subsequent", "analyses", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "approval", "was", "given", "by", "the", "nr", "##es", "committee", "of", "east", "of", "england", "—", "cambridge", "south", "(", "15", "/", "ee", "/", "015", "##2", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "cbt", "##m", "operates", "in", "accordance", "with", "uk", "human", "tissue", "authority", "guidelines", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "samples", "were", "obtained", "from", "deceased", "transplant", "organ", "donors", "by", "the", "cbt", "##m", "with", "informed", "consent", "from", "the", "donor", "families", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "ethical", "approval", "was", "given", "through", "the", "living", "airway", "biobank", ",", "administered", "through", "the", "university", "college", "london", "great", "or", "##mond", "street", "institute", "of", "child", "health", "(", "rec", "reference", ":...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell
[ "administered", "through", "the", "university", "college", "london", "hospitals", "nhs", "foundation", "trust", ")", ",", "rec", "reference", "18", "/", "ee", "/", "015", "##0", "(", "ir", "##as", "project", "id", ":", "236", "##57", "##0", ";", "east", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell
[ "all", "of", "the", "study", "participants", "or", "their", "surrogate", "##s", "provided", "informed", "consent", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "all", "protocols", "were", "reviewed", "and", "approved", "by", "the", "irb", "at", "the", "memorial", "slo", "##an", "ket", "##tering", "cancer", "center", "(", "irb", "protocol", "14", "-", "09", "##1", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "nonin", "##vol", "##ved", "lung", ",", "tumor", "tissues", "and", "metastatic", "lesions", "were", "obtained", "from", "patients", "with", "lung", "adenocarcinoma", "undergoing", "resection", "surgery", "at", "the", "memorial", "slo", "##an", "ket", "##tering", ...
[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "samples", "underwent", "irb", "review", "and", "approval", "at", "the", "institutions", "where", "they", "were", "originally", "collected", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "specifically", ",", "the", "dan", "##a", "-", "far", "##ber", "cancer", "institute", "approved", "protocol", "13", "-", "416", ",", "the", "partners", "massachusetts", "general", "hospital", "and", "br", "##igh", "##am", "and", "women", "’", "s", "hospital"...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell
[ "secondary", "analysis", "of", "samples", "at", "the", "broad", "institute", "was", "covered", "under", "massachusetts", "institute", "of", "technology", "irb", "protocols", "160", "##35", "##05", "##96", "##2", "and", "161", "##279", "##32", "##24", ",", "or"...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "donor", "identities", "were", "encoded", "at", "the", "hospitals", "before", "ship", "##ping", "to", "or", "sharing", "with", "the", "broad", "institute", "for", "sample", "processing", "or", "data", "analysis", ",", "respectively", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "study", "was", "approved", "by", "the", "local", "ethics", "committee", "of", "the", "lud", "##wig", "maxim", "##ilia", "##n", "university", "of", "munich", "(", "ek", "333", "-", "10", "and", "382", "-", "10", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "written", "informed", "consent", "was", "obtained", "from", "all", "patients", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "for", "sch", "##ille", "##r", "_", "202", "##1", "(", "h", ".", "b", ".", "s", ".", ",", "j", ".", "g", ".", "-", "s", ".", ",", "c", ".", "h", ".", "m", ".", ",", "b", ".", "h", ".", "k", ".", ",", "m", ".", "a", ".", "et", "al", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell
[ "written", "informed", "consent", "was", "obtained", "from", "all", "patients", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "for", "schul", "##tz", "##e", "_", "unpub", "##l", "(", "j", ".", "l", ".", "s", ".", ",", "c", ".", "s", ".", "f", ".", ",", "t", ".", "s", ".", "k", ".", "and", "e", ".", "c", ".", ",", "newly", "generated", "dataset", ")", ",", "human...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "...
Single_Cell
[ "all", "patients", "in", "this", "study", "provided", "written", "informed", "consent", "for", "sample", "collection", "and", "data", "analysis", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "samples", "were", "obtained", "under", "the", "cells", "and", "mediators", "irb", "protocol", "(", "2003", "##p", "##002", "##08", "##8", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "all", "individuals", "provided", "written", "informed", "consent", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "studies", "described", "were", "conducted", "according", "to", "the", "principles", "of", "the", "declaration", "of", "helsinki", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "study", "was", "approved", "by", "the", "university", "of", "california", ",", "san", "francisco", "irb", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "written", "informed", "consent", "was", "obtained", "from", "all", "individuals", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "peripheral", "blood", "was", "obtained", "from", "healthy", "consent", "##ing", "adult", "volunteers", "by", "ven", "##ip", "##uncture", "through", "a", "protocol", "approved", "by", "the", "columbia", "university", "irb", "." ]
[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "all", "relevant", "ethical", "regulations", "for", "work", "with", "human", "participants", "were", "compl", "##ied", "with", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "donor", "lung", "samples", "were", "provided", "through", "the", "federal", "united", "network", "for", "organ", "sharing", "via", "the", "national", "disease", "research", "interchange", "and", "international", "institute", "for", "the", "advancement", "of", "me...
[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell
[ "for", "for", "the", "pooled", "data", "from", "ref", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "and", "associated", "unpublished", "data", ",", "human", "lung", "tissue", "collection", "was", "approved", "by", "the", "duke", "university", "irb", "(", "pro", "##000", "##82", "##37", "##9", ")", "and", "university", "of", "north", "carolina", "biomedical"...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "consent", "was", "obtained", "to", "use", "human", "tissues", "for", "research", "purposes", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "study", "was", "approved", "by", "the", "local", "ethics", "committee", "at", "university", "hospitals", "leu", "##ven", "(", "b3", "##222", "##01", "##42", "##208", "##1", ")", "and", "all", "of", "the", "relevant", "ethical", "regulations", "were",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "only", "patients", "with", "untreated", ",", "primary", ",", "nonm", "##eta", "##static", "lung", "tumors", "who", "underwent", "lung", "lobe", "resection", "with", "curative", "intent", "and", "who", "provided", "informed", "consent", "were", "included", "in",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "all", "of", "the", "research", "involving", "human", "participants", "was", "approved", "by", "the", "northwestern", "university", "irb", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "samples", "from", "patients", "with", "cov", "##id", "-", "19", ",", "viral", "pneumonia", "and", "other", "pneumonia", ",", "as", "well", "as", "controls", "without", "pneumonia", ",", "were", "collected", "from", "participants", "enrolled", "in", "the", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "all", "study", "participants", "or", "their", "surrogate", "##s", "provided", "informed", "consent", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "irb", "of", "the", "university", "of", "cin", "##cin", "##nat", "##i", "college", "of", "medicine", "approved", "all", "human", "-", "relevant", "studies", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "study", "was", "conducted", "according", "to", "the", "principles", "expressed", "in", "the", "declaration", "of", "helsinki", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "ethical", "approval", "was", "obtained", "from", "the", "rec", "of", "shen", "##z", "##hen", "third", "people", "’", "s", "hospital", "(", "2020", "-", "112", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "all", "participants", "provided", "written", "informed", "consent", "for", "sample", "collection", "and", "subsequent", "analyses", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "further", "study", "details", "can", "be", "found", "in", "supplementary", "table", "1", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "several", "previously", "unpublished", "datasets", "were", "used", "for", "the", "hl", "##ca", "and", "generated", "as", "follows", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "participants", "recruited", "by", "the", "pneum", "##ology", "unit", "of", "nice", "university", "hospital", "were", "sampled", "between", "1", "and", "15", "december", "2020", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "full", "procedure", ",", "including", "patient", "inclusion", "criteria", ",", "is", "detailed", "at", "https", ":", "/", "/", "www", ".", "clinicaltrials", ".", "gov", "/", "ct", "##2", "/", "show", "/", "nct0", "##45", "##299", "##93", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "nasal", "and", "trache", "##ob", "##ron", "##chi", "##al", "samples", "were", "collected", "from", "patients", "with", "ipf", "after", "obtaining", "their", "informed", "consent", ",", "following", "a", "protocol", "approved", "by", "the", "centre", "hospital",...
[ "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "data", "were", "derived", "from", "the", "clinical", "trial", "registered", "at", "clinicaltrials", ".", "gov", "under", "reference", "nct0", "##45", "##299", "##93", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "this", "study", "was", "described", "as", "an", "interventional", "study", "instead", "of", "an", "observational", "study", "because", "the", "participants", "were", "volunteers", "and", "all", "assigned", "to", "a", "specific", "bronchoscopy", "not", "related", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "participants", "were", "prospectively", "assigned", "to", "a", "procedure", "(", "bronchoscopy", ")", "according", "to", "a", "specific", "protocol", "to", "assess", "our", "ability", "to", "sample", "the", "airway", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "no", "other", "procedures", "were", "included", "in", "this", "study", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "metadata", "of", "the", "donors", "’", "sex", "was", "based", "on", "self", "-", "report", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "libraries", "were", "prepared", "as", "described", "in", "depr", "##ez", "et", "al", ".", "and", "yielded", "an", "average", "of", "61", ",", "000", "±", "11", ",", "000", "cells", "per", "sample", ",", "with", "a", "viability", "above", "95", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "single", "-", "cell", "suspension", "was", "used", "to", "generate", "single", "-", "cell", "libraries", "following", "the", "v3", ".", "1", "protocol", "for", "3", "′", "chemistry", "from", "10x", "genomics", "(", "cg", "##000", "##204", ")", "....
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "sequencing", "was", "performed", "on", "a", "next", "##se", "##q", "500", "/", "550", "sequencer", "(", "illumina", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "raw", "sequencing", "data", "were", "processed", "using", "the", "cell", "range", "##r", "6", ".", "0", ".", "0", "pipeline", ",", "with", "the", "reference", "genome", "gr", "##ch", "##38", "and", "annotation", "using", "ensembl", "##98", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "for", "each", "sample", ",", "cells", "with", "fewer", "than", "200", "transcripts", "or", "more", "than", "40", ",", "000", "transcripts", "were", "filtered", "out", ",", "as", "well", "as", "genes", "expressed", "in", "fewer", "than", "three", "cells", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "normalization", "and", "log", "transformation", "were", "done", "using", "the", "standard", "scan", "##py", "pipeline", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "principal", "component", "analysis", "(", "pca", ")", "was", "performed", "on", "1", ",", "000", "highly", "variable", "genes", "(", "hv", "##gs", ")", "to", "compute", "50", "principal", "components", ",", "and", "the", "lo", "##uv", "##ain", "algorithm"...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "these", "clusters", "were", "then", "annotate", "d", "by", "hand", "for", "each", "sample", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "raw", "counts", "and", "the", "thus", "obtained", "cell", "annotations", "were", "used", "as", "input", "for", "the", "hl", "##ca", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "tumor", "-", "free", ",", "unin", "##vol", "##ved", "lung", "samples", "(", "peritumor", "tissues", ")", "were", "obtained", "during", "tumor", "resections", "at", "the", "lung", "specialist", "clinic", "ask", "##le", "##pi", "##os", "fac", "##h", "##kl", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell
[ "the", "study", "was", "approved", "by", "the", "local", "ethics", "committee", "of", "the", "lud", "##wig", "maxim", "##ilia", "##n", "university", "of", "munich", "(", "ek", "333", "-", "10", "and", "382", "-", "10", ")", ",", "and", "written", "info...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "all", "fresh", "tissues", "from", "patients", "in", "a", "given", "time", "frame", "without", "any", "specific", "selection", "criteria", "were", "included", ",", "and", "only", "patients", "with", "obvious", "chronic", "lung", "disease", "as", "comorbidity", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "metadata", "of", "the", "donors", "’", "sex", "were", "based", "on", "self", "-", "report", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "single", "-", "cell", "suspensions", "for", "scr", "##na", "-", "seq", "were", "generated", "as", "previously", "described", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "in", "brief", ",", "lung", "tissue", "samples", "were", "cut", "into", "smaller", "pieces", ",", "washed", "with", "phosphate", "-", "buffered", "saline", "(", "pbs", ")", "and", "enzymatically", "digested", "using", "an", "enzyme", "mix", "compose", "d", ...
[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell
[ "after", "inactivating", "the", "enzymatic", "activity", "with", "10", "%", "fetal", "calf", "serum", "(", "fcs", ")", "/", "pbs", ",", "dissociated", "cells", "were", "passed", "through", "a", "70", "µm", "cell", "strain", "##er", ",", "pelleted", "by", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell
[ "after", "stopping", "the", "lysis", "with", "10", "%", "fcs", "/", "pbs", ",", "the", "cell", "suspension", "was", "passed", "through", "a", "30", "µm", "strain", "##er", "and", "pelleted", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "cells", "were", "resuspended", "in", "10", "%", "fcs", "/", "pbs", ",", "assessed", "for", "viability", "and", "counted", "using", "a", "neu", "##ba", "##uer", "hematocytometer", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "cell", "concentration", "was", "adjusted", "to", "1", ",", "000", "cells", "per", "µl", "and", "~", "16", ",", "000", "cells", "were", "loaded", "on", "a", "10x", "genomics", "chip", "g", "with", "chromium", "single", "cell", "3", "′", "v3", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell
[ "libraries", "were", "prepared", "according", "to", "the", "manufacturer", "’", "s", "protocol", "(", "cg", "##000", "##204", "_", "rev", "##d", ";", "10×", "genomics", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "after", "a", "quality", "check", ",", "scr", "##na", "-", "seq", "libraries", "were", "pooled", "and", "sequenced", "on", "a", "nov", "##ase", "##q", "6000", "instrument", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "generation", "of", "count", "matrices", "was", "performed", "using", "the", "cell", "range", "##r", "computational", "pipeline", "(", "v3", ".", "1", ".", "0", ";", "star", "v2", ".", "5", ".", "3a", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "the", "reads", "were", "aligned", "to", "the", "gr", "##ch", "##38", "human", "reference", "genome", "(", "gr", "##ch", "##38", ";", "ensembl", "##99", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell
[ "downstream", "analysis", "was", "performed", "using", "the", "scan", "##py", "package", "(", "version", "1", ".", "8", ".", "0", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]