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柑橘 CT 图像分割数据集

数据集简介

本数据集包含 49 例柑橘 CT 图像及其分割掩码,用于对 UNet 系列图像分割模型进行微调和效果验证,例如 DinoUNetnnU-Net

数据集划分如下:

数据划分 样本数量 用途
训练集 25 模型微调训练
验证集 24 模型效果验证
合计 49

目录结构

.
├── imagesTr/               # 25 例用于微调训练的柑橘 CT 图像
├── imagesTs_label_gd/      # 训练图像对应的分割掩码(ground truth)
├── imagesTs/               # 24 例用于效果验证的柑橘 CT 图像
├── labelsTr/               # 验证图像对应的分割掩码
├── imagesTr.png            # 训练集编号与柑橘品类的可视化对应图
├── imagesTs.png            # 验证集编号与柑橘品类的可视化对应图
└── dataset.json            # DinoUNet 与 nnU-Net 使用的数据集配置文件

重要说明: 本数据集的目录名称与部分 nnU-Net 数据集的标准命名习惯可能不同。使用时请以本页列出的实际对应关系为准,不要仅根据目录名推断数据用途。

数据字段与对应关系

数据文件主要以序号命名。序号本身不直接表示柑橘品类,具体编号与柑橘品类之间的对应关系请参照:

  • imagesTr.png:训练集样本编号与柑橘品类的对应关系;
  • imagesTs.png:验证集样本编号与柑橘品类的对应关系。

图像与掩码应根据文件名中的相同样本编号进行配对:

CT 图像目录 对应掩码目录 数据用途
imagesTr/ imagesTs_label_gd/ 微调训练
imagesTs/ labelsTr/ 效果验证

推荐用途

  • DinoUNet、nnU-Net 及其他 UNet 系列模型的微调;
  • 柑橘 CT 图像语义分割;
  • 分割模型的效果验证与对比实验;
  • 三维 CT 图像处理相关研究。

使用方式

通过 Hugging Face Hub 下载

from huggingface_hub import snapshot_download

dataset_dir = snapshot_download(
    repo_id="<用户名>/<数据集仓库名>",
    repo_type="dataset",
)

print(dataset_dir)

下载后,可依据上方的图像—掩码对应表构建训练集和验证集。dataset.json 可用于配置 DinoUNet 或 nnU-Net;实际字段、模态和标签定义请以该文件内容为准。

文件配对示例

以下示例按文件名主干匹配图像和掩码。若图像与掩码使用了不同后缀或 nnU-Net 通道后缀(如 _0000),请根据实际命名规则调整。

from pathlib import Path

root = Path("<数据集下载目录>")

train_images = sorted((root / "imagesTr").iterdir())
train_masks = sorted((root / "imagesTs_label_gd").iterdir())

val_images = sorted((root / "imagesTs").iterdir())
val_masks = sorted((root / "labelsTr").iterdir())

print(f"训练图像:{len(train_images)}")
print(f"训练掩码:{len(train_masks)}")
print(f"验证图像:{len(val_images)}")
print(f"验证掩码:{len(val_masks)}")

数据配置

仓库根目录中的 dataset.json 保存 DinoUNet 和 nnU-Net 所需的数据集配置信息。开始训练前,建议确认以下内容与当前运行环境及数据文件一致:

  • 图像模态或通道定义;
  • 分割标签及其数值编码;
  • 训练样本数量;
  • 文件扩展名;
  • 数据集名称与路径配置。

数据质量与使用注意事项

  • 数据集规模较小,仅包含 49 例样本,实验时应关注过拟合风险;
  • 建议在训练阶段使用数据增强,并固定随机种子以提高实验的可复现性;
  • 训练集与验证集已经预先划分,不建议在模型选择过程中将验证数据用于训练;
  • 读取掩码时应采用最近邻插值,避免缩放或重采样产生新的标签值;
  • 在运行训练前,应检查每幅 CT 图像与对应掩码的尺寸、空间信息和样本编号是否一致;
  • 柑橘品类信息需要结合 imagesTr.pngimagesTs.png 读取。

已知限制

  • 当前说明未提供 CT 图像的文件格式、体素间距、图像尺寸、扫描设备及采集参数;
  • 当前说明未提供分割目标、标签类别名称及掩码数值编码;
  • 当前说明未提供柑橘品类的文本映射表,品类对应关系以配套 PNG 图像为准;
  • 该数据集的规模和划分可能不足以代表所有柑橘品类、成熟度、产地或扫描条件,模型的跨域泛化能力需要另行验证。

许可证

本数据集暂未声明许可证。上传至 Hugging Face Hub 前,请根据数据权属与预期用途补充合适的许可证,并在本页 YAML 元数据中添加对应的 license 字段。

引用

如果本数据集对应论文、项目或公开成果,请在此补充推荐引用信息:

@dataset{citrus_ct_segmentation,
  title  = {Citrus CT Segmentation Dataset for UNet Fine-tuning},
  author = {待补充},
  year   = {待补充},
  url    = {待补充}
}

数据集维护者

  • 维护者:待补充
  • 联系方式:待补充
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